博尼法乔的早期历史尚不清楚。根据当地官方网站的论述，博尼法乔境内的一处山洞中曾发现一具公元前七千年的女性人类遗骸，后者被称为“博尼法乔之妇”（la dame de Bonifacio）[1]。古典时期，腓尼基、迦太基、古希腊和古罗马军队均曾登陆博尼法乔[1]。中世纪时，博尼法乔因其陡峭的地形及特殊的地理位置而成为战略要地，长期处于比萨和热那亚两个城邦的争夺之中[1]。13世纪后，热那亚人逐渐控制了博尼法乔并在此修建了长达两公里的城墙[1]。15世纪时，西西里及阿拉贡国王阿方索五世率兵占领博尼法乔并在此兴建博尼法乔城堡[1][2]。意大利战争期间，土耳其将领德拉古特在富瓦伯爵拉巴尔特德泰尔姆的保罗（法语：Paul de La Barthe de Thermes）的帮助下于1533年发动博尼法乔围城战并取得胜利，后博尼法乔通过1559年签署的《卡托-康布雷西和约》重返热那亚[1]。1768年，热那亚王国与法兰西王国签署《凡尔赛条约》，博尼法乔及其所处的科西嘉岛被卖给了法兰西王国[1]。法国大革命后，博尼法乔成为利亚莫讷省（1811年更名为“科西嘉省”）的一个市镇[3]。1793年，共和国军队曾以博尼法乔作为基地发动萨丁尼亚远征但未能成功[1][4]。自19世纪以来，因自然条件不佳，博尼法乔常驻居民数量有所减少，但当地亦因独特的自然景观而成为科西嘉岛的一处旅游胜地[1]。1976年，科西嘉省一分为二，博尼法乔被划入新成立的南科西嘉省[3]。