本島於15至16世紀由西班牙帝國發現和統治。1633年，荷蘭為報復西班牙佔領荷屬聖馬丁，佔領了此島。在拿破崙戰爭中，本島則兩度短暫落入英軍控制。

在第二次世界大戰期間，荷蘭流亡政府曾讓此島成為美國的保護國。1944年，當時的荷蘭王儲、後來的女王茱莉安娜偕同時任美國第一夫人愛蓮娜·羅斯福登島巡視軍隊。

1954年，波奈加入新成立的荷屬安地列斯，直至2010年，島民投票希望與荷蘭本土有更緊密的聯繫，遂隨荷屬安的列斯解體與聖佑達修斯、荷屬沙巴併入荷蘭本土，並一同成為省級的「公共實體」。