百沙基母庙所处的位置在史前时期就被人们视为圣地，寺庙的基石类似金字塔的巨石阶梯结构，它们的历史至少可追溯到2,000年前。

百沙基母庙建筑的历史可以追溯到公元14世纪。公元1284年，来自爪哇的入侵者占领了巴厘岛，并将此地用作印度教的祭祀场地。

至15世纪，百沙基母庙成为了印尼Gelgel王朝（英语：Gelgel, Indonesia）下的一个国家神庙。[1]

1963年，阿贡火山爆发，造成1700人死亡。但是火山岩浆却从几码之外流过寺庙，百沙基母庙幸免于难。这被巴厘岛人视为奇迹，并被认作是众神传达其展示威力但不摧毁信仰的旨意。