Do có vị trí chiến lược quan trọng nên hòn đảo này từ xưa bị người Phoenicia, đến người Hy Lạp, người Carthage và người La Mã tranh giành quyền thống trị. Khoảng năm 58, trong một tai nạn đắm tàu gần đảo Malta, Thánh Phaolô đã lưu lại và rao giảng Phúc âm trên đảo này. Năm 870, Malta rơi vào tay người Ả Rập. Bá tước Roger I chinh phục Malta năm 1090, từ đây số phận của đảo này gắn liền với lịch sử của vương quốc Sicilia cho đến thế kỷ XVI. Năm 1530, Charles Quint giao lại đảo này cho dòng Hiệp sĩ Cứu tế, nơi đây trở thành căn cứ quân sự chống lại người Thổ Nhĩ Kỳ. Malta bị Napoléon Bonaparte chiếm giữ năm 1798. Người Anh giành lại đảo này sau hai năm vây hãm. Malta trở thành thuộc địa và là căn cứ quân sự của thực dân Anh từ năm 1813.

Trong Chiến tranh thế giới thứ II, Malta giữ một vai trò quan trọng trong cuộc chiến ở Địa Trung Hải (1940-1943), trở thành đảo quốc độc lập và là nước thành viên trong Khối Liên hiệp Anh năm 1964. Năm 1972, Malta đã thỏa thuận với Anh việc đóng cửa các căn cứ Anh trên đảo, việc ký kết có hiệu lực năm 1979. Malta tuyên bố là nước cộng hòa năm 1974. Sau khi kết thúc liên minh với Anh, Malta tìm cách đảm bảo chính sách trung lập của mình thông qua các thỏa thuận với các nước khác. Malta gia nhập Liên minh châu Âu từ năm 2004.