Qua nhiều thế kỷ, mãi cho đến khi Cộng hòa Venezia suy tàn, chính phủ Venezia đã cố tình tách xa trụ sở của vị tổng giám mục khỏi nơi là trung tâm quyền lực của nền cộng hòa. Nhà thờ Thánh Máccô là nơi cầu nguyện của các vị tổng trấn (doge), được xây dựng để lưu giữ hài cốt của tông đồ Máccô, vị Thánh bảo hộ Venezia thay thế cho Thánh Theodorus. Dinh thự và nhà thờ chính tòa của tổng giám mục thời kỳ đấy nằm trong khu phố San Pietro di Castello xa xôi.

Nhà thờ Thánh Máccô đầu tiên được hiến tặng năm 828 và được xây dựng từ năm 829 đến 832 ở nơi nguyên là nhà thờ cầu nguyện của Dinh tổng trấn (Venezia) để lưu trữ hài cốt của Thánh Máccô do các thương gia Venezia mang từ Alexandria về đây. Năm 976, ngôi nhà thờ, Dinh Tổng trấn và khoảng 200 căn nhà đã bị hỏa hoạn thiêu đốt. Ngay trong năm đó vị tổng trấn Pietro I Orseolo đã bắt đầu cho xây mới. Qua nhiều lần ngưng trệ, công trình tái xây dựng kéo dài cho đến năm 1094 mới hoàn thành. Do Venezia có liên hệ mật thiết với Đế quốc Byzantine nên các nhà nghệ thuật tạo dáng cho công trình đều theo gương mẫu kiến trúc Byzantine. Mặt bằng nhà thờ là một chữ thập Hy Lạp (chữ thập vuông), phía trên là mái vòm. Các lần xây dựng mở rộng sau này trong thế kỷ 13 vẫn còn mang phong cách Byzantine, sang đến thế kỷ 14 thì đã mang phong cách kiến trúc Gothic.

Nhà thờ Thánh Máccô mang hình dáng cơ bản của Nhà thờ các tông đồ tại Constantinopolis, đã được xây dựng trong thế kỷ thứ 6 (536-546 nhưng đã bị phá hủy năm 1452). Nhà thờ hình chữ thập Hy Lạp có mái vòm này là bước phát triển chung cuối cùng của nghệ thuật kiến trúc thời đầu Ki tô giáo. Sau đấy, nghệ thuật kiến trúc đã tách ra thành hai hướng: kiến trúc Byzantine phía đông và kiến trúc phương Tây, là kiến trúc dẫn đến nghệ thuật kiến trúc Carolinge và kiến trúc Roman.