Khu vực La Habana hiện tại và vịnh tự nhiên đã được người châu Âu viếng tăm trong thời kỳ Sebastián de Ocampo đi vòng quanh hòn đảo bằng đường biển.vào năm 1509[1]. Ngay sau đó, năm 1510, những người Tây Ban Nha thực dân đầu tiên đã đến La Hispaniola và bắt đầu xâm chiếm Cuba. Diego Velázquez de Cuéllar thành lập La Habana ngày 25/8/1515 tại bờ biển phía nam của đảo, gần thị trấn Surgidero de Batabanó ngày nay. Giữa 1514 và 1519, thành phố có ít nhất là 2 cơ sở. Một bản đồ sớm nhất cho vẽ năm 1514 cho thấy thị xã nằm ở cửa sông Onicaxinal, bờ biển nam Cuba. Một cơ sở khác là La Chorrera, mà ngày nay là Puentes Grandes láng giềng, kế bên sông Almendares. Cơ sở cuối cùng El Templete, là thị xã thứ 6 được người Tây Ban Nha lập nên trên hòn đảo, gọi là San Cristobal de la Habana bởi Pánfilo de Narváez: Tên gọi này kết hợp giữa San Cristóbal, thánh bảo hộ của Habana. Tên gọi Habana có thể xuất phát từ Habaguanex, tên gọi của một tù trưởng da đỏ kiểm soát khu vực này và được trích dẫn bởi Diego Velasquez trong tờ trình ông gửi vua Tây Ban Nha.

Habana được di dời từ vị trí hiện nay đến nơi được gọi là Puerto de Carenas (có nghĩa, "Careening Bay"), năm 1519.

La Habana được mở rộng rất lớn vào thế kỷ 17. Các tòa nhà mới được xây dựng tận dụng các vật liệu có sẵn ở đảo quốc này, chủ yếu là gỗ, kết hợp với nhiều kiểu kiến trúc Iberia cũng như vay mượn từ phong cách đảo Canary. Trong thời kỳ này, thành phố La Habana cũng xây dựng các tượng đài công dân và các công trình tôn giáo như: Nữ tu viện St Augustin, Lâu đài El Morro, nhà thờ nhỏ Humilladero, đài phun nước Dorotea de la Luna in La Chorrera, nhà thờ Đức thánh thiên thần (Holy Angel), bệnh viện San Lazaro, Tu viện Santa Teresa và Nữ tu viện San Felipe Neri. Năm 1649 một đại dịch chết người lây từ Cartagena ở Colombia đã lây cho 1/3 dân số La Habana.