Lịch sử  Bia mộ Cảnh giáo với chữ khắc của Uyghur, được tìm thấy ở Issyk-Kul, ngày 1312

Hồ Issyk-Kul là điểm dừng chân trên Con đường tơ lụa, một tuyến đường bộ dành cho khách lữ hành từ Viễn Đông đến Châu Âu. Nhà sư học giả vĩ đại của Trung Quốc Huyền Trang đã đi ngang qua hồ này và ghi chú các chi tiết trong tác phẩm cổ điển Kỷ lục của Đại Đường về các khu vực phương Tây trong thế kỷ thứ 7. Hồ từng thuộc quyền sở hữu của nhà Thanh Trung Quốc và được nhượng lại cho Nga - cùng với lãnh thổ xung quanh - sau Hiệp ước Tarbagatai. Nhiều nhà sử học tin rằng hồ là điểm khởi đầu của Cái Chết Đen đã gây ra thảm họa cho cả châu Âu và châu Á trong đầu thế kỷ và giữa thế kỷ 14. Tình trạng của hồ như một lối đi dành cho khách du lịch cho phép bệnh dịch lây lan qua các lục địa này thông qua các thương nhân thời Trung Cổ, những người vô tình mang vermin bị nhiễm khuẩn cùng với họ.

Mực nước hồ cao hơn khoảng 8 mét (26 ft) so với thời trung cổ. Các thợ lặn đã tìm thấy phần còn lại của các khu định cư ngập nước ở các khu vực nông quanh hồ. Vào tháng 12 năm 2007, một báo cáo đã được công bố bởi một nhóm các nhà sử học người Kyrgyz, dẫn đầu bởi Vladimir Ploskikh, phó chủ tịch của Viện hàn lâm Khoa học Kyrgyzstan, rằng các nhà khảo cổ học đã phát hiện ra phần còn lại của nền văn minh tiên tiến có niên đại 2500 năm trước dưới đáy hồ. Các dữ liệu và hiện vật thu được cho thấy rằng thành phố cổ là một đô thị thời đó. Khám phá này bao gồm những bức tường rộng, một số trải dài 500 mét (1.600 ft) và dấu vết của một thành phố lớn với diện tích vài km2. Những phát hiện khác bao gồm các xác ướp chôn vùi của người Scythia bị xói mòn qua nhiều thế kỷ bởi sóng và nhiều cổ vật được bảo quản tốt, bao gồm battleaxes bằng đồng, đầu mũi tên, dao găm tự mài, các vật thể bị vứt bỏ bởi thợ rèn, đúc khuôn và tiền.

Các bài báo được xác định là đồng tiền còn tồn tại lâu đời nhất thế giới đã được tìm thấy dưới nước, với các vòng dây vàng được sử dụng như một thay đổi nhỏ và một khối vàng hình lục giác lớn. Cũng được tìm thấy là một cái vạc bằng đồng với trình độ thủ công ngày nay đạt được bằng cách sử dụng môi trường khí trơ.

Vào năm 1916, tu viện tại Issyk-Kul đã bị tấn công bởi các phiến quân người Kyrgyz và bảy tu sĩ đã bị giết.