Lịch sử  Quang cảnh Praha nhìn từ tòa nhà Clementinum

Lịch sử của Clementinum bắt nguồn từ một nhà nguyện dành riêng cho Thánh Clement được xây dựng vào thế kỷ 11. Đến thời kỳ Trung Cổ, một tu viện dòng Đô-mi-ních được thành lập vào, sau đó trở thành một học viện Dòng Tên vào năm 1556.

Năm 1622, các tu sĩ Dòng Tên chuyển thư viện của Đại học Charles đến Clementinum, và học viện được sáp nhập với Đại học Charles vào năm 1654. Dòng Tên vẫn tồn tại cho đến khi bị đàn áp vào năm 1733. Hoàng hậu Maria Theresia của Áo cho chuyển đổi Clementinum thành một đài quan sát, thư viện và trường đại học.

Thư viện Quốc gia được thành lập vào năm 1781 và từ năm 1782 Clementinum trở thành nơi lưu chiểu hợp pháp của thư viện. Năm 1918, nhà nước Tiệp Khắc mới thành lập lúc đó đã tiếp quản thư viện. Từ năm 1990, nơi đây là Thư viện Quốc gia.

Thư viện chứa một bộ sưu tập các bản nhạc của Mozart, các tài liệu liên quan đến Tycho Brahe và Comenius, cũng như các tác phẩm kinh điển của văn học Séc. Công trình kiến trúc Clementinum là một ví dụ đáng chú ý của kiến trúc Baroque. Với diện tích 20.000 m2, Clementinum là khu phức hợp tòa nhà lớn thứ hai ở Praha sau Lâu đài Praha.

Trước năm 2006, người ta không ngừng tranh luận về khả năng mở rộng không gian của thư viện cho các bộ sưu tập văn thư mới trong tương lai. Người ta dự tính không gian lưu trữ trong các tòa nhà Clementinum sẽ đạt đến giới hạn vào năm 2010.

Vào ngày 10 tháng 1 năm 2006, chính quyền Praha quyết định bán khu đất thuộc sở hữu của thành phố nằm trong công viên Letná gần trung tâm Praha cho Thư viện Quốc gia. Mùa xuân năm 2006, người ta cho tổ chức một cuộc thi thiết kế kiến trúc quốc tế nhằm tìm kiếm được bản thiết kế độc đáo cho tòa nhà mới. Kiến trúc sư giành chiến thắng trong cuộc thi là Jan Kaplický, nhưng kế hoạch xây dựng đã bị bác bỏ, vì vậy Mở rộng Thư viện Quốc gia Séc vẫn là một dự án còn bỏ ngỏ.