Згідно з археологічними свідченнями, острів був постійно заселений щонайменше 20 тисяч років. Імовірно Унгуджа під назвою Менуфія згадується в давньогрецькому географічному творі Періпл Еритрейського моря. У I тисячолітті н. е. острів відвідували індійські, арабські та перські купці. У 1107 році на півночі була побудована перша мечеть в південній півкулі — мечеть Кізімказі. У 1505 році весь занзібарський архіпелаг перейшов під контроль Португалії, а в 1698 — під контроль Оману. Найбільшого розквіту султанат Оман досяг у першій половині XIX століття за султана Саїда ібн Султана. У 1840 році Саїд ібн Султан переніс столицю в Кам'яне місто на острові Унгуджа. Унгуджа в його правління була найбільшим торговим центром, де велася торгівля по всьому Індійському океану, в першу чергу рабами і гвоздикою, яку вирощували на плантаціях прямо на острові.

Після смерті Саїда ібн Султана в 1856 році Занзібарський султанат і Оман стали двома незалежними султанатами. У 1890 році острів в складі Занзібару став британським протекторатом, а в грудні 1963 року отримав незалежність від Великої Британії. На початку 1964 року в ході занзібарської революції монархія була повалена, і проголошена Народна Республіка Занзібар і Пемба. У квітні 1964 року Республіка Занзібар і Пемба об'єдналася з Танганьїкою, ставши автономним регіоном у складі держави Танзанія.