Точна дата будівництва храму невідома. Дослідження підтверджують, що храм був збудований у XIII столітті, ще до завоювання території Македонії Османською імперією. В записах, знайдених у церкві святих Констянтина та Єлени у м. Охрид згадується поле села Лесковець, яке межує з власністю цієї церкви та належить церкві св. Іоана Канео — це свідчить, що церква була побудована ще до 1447 року. Можливо вона була кафоліконом — головною церквою монастиря, зруйнованого османами.

За місцевою легендою, в церкві Іоанна Канео вінчався болгарський цар Іван Асен II.

Під час османського владарювання церковна споруда поступово занепадала і починаючи з XVII століття до 1-ї пол. XIX століття фактично руйнувалася. Про це свідчить те, що найдавніша ікона, яка була знайдена у церкві, датується аж 1676 роком. В 50-х роках ХІХ століття почалися відновлювальні роботи: церкву відновили, встановили дерев'яний іконостас та по-новому розписали стіни та купол.

Під час реставраційних робіт у 1964 році були виявлені старовинні фрески, датовані періодом правління візантійської династії Комнінів.

В даний час у церкві встановлене спеціальне вентиляційне обладнання, яке дозволяє зберегти старовинні фрески. Сьогодні ця церковна споруда є одним із найвідоміших туристичних місць міста Охрид.