За деякими джерелами син цемпо Ланґдарма (838-841), противник буддизму, Намдо Восунґ зробив з Цапаранґу столицю царства Ґуґе вже після вбивства свого батька у 841 році. Тибетська імперія занурилась у громадянську війну, і утворилося безліч незалежних царств[1]. За іншими джерелами два онука царя Ландарма близько 919 року втекли у Західний Тибет. Старший син Ньіма Ґон осів у Пуранґе і зміг завоювати велику територію, включаючи Ладакх і частково Спіті. Після його смерті його царство розпалося на три частини: Ґуґе, Пуранґ і Марьюл (Ладакх).

Через царство Ґуґе проходила стародавня караванна дорога з Індії в Тибет. Раніше даний регіон називався Шанґшунґ і був потужно укріплений в X столітті[1].

В XI столітті цар Еше О знову відновив буддизм в Західному Тибеті, за допомогою перекладача з санскриту Рінчен Зангпо (якого називали «Великий перекладач») та індійського вчителя Атіша. У Цапаранзі та в Тголінзі були побудовані храми і монастирі. Вплив царства Ґуґе поширився на Кашмір і Ассам[2].

Влітку 1624 року в Цапаранґ прибули два португальських місіонера з ордена єзуїтів — Антонью ді Андраді (1580-1634) і Мануель Маркес. Вони шукали інформацію про легендарного християнського царя пресвітера Іоанна. Цар Ґуґе Тгі Таші Даґпо (Thi Tashi Dagpa) дозволив їм проповідувати у його царстві. Влітку наступного року вони повернулися в Цапаранґ і побудували там церкву біля підніжжя дзонґа. Другу церкву в поселенні Рутоґ вони заснували у 209 км від Цапаранґа. Після того, як Антоніу ді Андраді у 1630 році покинув Тибет, місія занепала. Антоніу ді Андраді склав докладний звіт про життя в Ґуґе у 1625 році, який пізніше був направлений в Рим.

У 1640 році Мануель Маркес зібрав експедицію для відновлення місії, але був заарештований, і мріяв лише про втечу. Він написав листа в центральну місію єзуїтів в Аґрі з проханням про допомогу і визволення. Про подальшу долю Мануеля Маркеса інформації не має[3].

У 1685 році Цапаранґ був завойований Далай-ламою V на замовлення буддійського царя Ладакха. Місто було піддане серйозним руйнуванням та перестало існувати. Особливо серйозні руйнування були зроблені за часів правління Мао Цзедуна під час Культурної революції в Китаї, було зруйновано багато храмів, статуй і споруд.

Всередині й поза містом виявлено велику кількість злакових рослин, знарядь праці, одяг, прикрас та військових обладунків. Всі предмети збереглися добре, очевидно завдяки сухому клімату і розрідженому повітрю. В печерах у великій кількості були виявлені висохлі безголові трупи. Крім того, вперше було виявлено поховання в стіні. У стіні був замурований труп дівчинки 3-4 років. В даний час він зберігається в Музеї Тибету[1].