Як і в багатьох інших портових міст, історія виникнення міста Сейдісфіордюр почалося з появою на цій території данських торговців, що влаштувалися тут у середині 1800 року. Перше поселення в околицях Сейдіс-фіорд виникло в 1848 році. В 1870 — 1900 роках цей терен заселяли норвезькі рибалки, які будували дерев'яні будинки, рибні магазини, громадські будинки, деякі з яких залишилися в місті досі. Вони залишили на розвиток міста найбільший вплив.

В 1895 році поселення набуло статусу міста.

Перші телефонні лінії були прокладені по Ісландії через місто Сейдісфіордюр в 1906 році , що робило його центром телекомунікацій до середини минулого століття. На головній річці міста в 1913 була побудована гідроелектростанція, надавши місту новий статус, найперше місто в Ісландії, в якому з'явилася електрика.

З 1980 року поромний шлях Норрюна сполучив Ісландію з Фарерськими островами, Шотландією, Данією та Норвегією .

Під час Другої світової війни Сейдісфіордюр був використаний як база для британських і американських військ і для конвою антигітлерівської коаліції , що прямували до Мурманську Залишки їх діяльності видно по всьому фіорду: злітно-посадкова смуга, і танкер Ель-Грілло, що затонув, зазнавши бомбардування. Воно залишається одним із найвідоміших місць у нижній частині фіорду для сучасних водолазів.

Після недавнього закриття рибного заводу місто зосередило всю свою економіку на туризмі, хоча воно, як і раніше, є важливим рибним портом на східному березі Ісландії.