Історія монастиря тісно пов’язана з Майстром Ламою Цонкапою (1357–1419), засновником ордену Гелукпа, шанованим і високоосвіченим гуру в буддистських писаннях. Саме під його божественним опікою його учень Джетсун Кункхен Лодро Рінчен Сенге заснував комплекс монастиря Сера Джей на початку 15 століття нашої ери. Кункх'єн Лодро Рінчен Сенге спочатку служив учителем у монастирі Дрепунг, перш ніж сформувати Сера Джей. Релігійна легенда, яка розповідає про те, як було обрано місце, була видінням ясновидця, яке мав Цонкапа, у якому він побачив повний текст 20 шлок Праджняпараміти про Шуньяту, підписаний на небі. Це психічне заклинання дало йому повне уявлення про текст Tsawasehrab (Основи мадх'яміки або шуньяти)[1]. Крім того, він також сприйняв «бачення дощу, схожого на букви «AA», що спускаються з неба». Лише через 12 років один із його учнів, Джамчен Чодже, здійснив пророцтво свого гуру, заснувавши Сера Дже як центр вивчення повних вчень і практик традиції Махаяни[1].

Тодішній король Недонг Дагпа Г'ялцен підтримав благородне підприємство необхідними фінансами, а також у 1419 році провів церемонію закладки фундаменту для будівництва монастиря. Подальші деталі щодо розвитку будівлі, включаючи встановлення священних зображень/ідолів та інших об’єктів поклоніння, були завершені відповідно до найвищих побажань великого Лами Цонкапи. Невдовзі монастир став відомий як «Осідок Текчен Лінга (традиції Махаяни)». Інша версія назви «Сера», яка стала використовуватися як префікс «Монастир», полягає в тому, що його місце було оточене кущами малини, які тибетською називають «Сева», що утворилося як «Рава» на тибетській, що означає «Огорожа»[1].

  14-й Далай-лама втік до Індії в 1959 році і попросив там притулку. Починаючи з 18 березня, монастир Сера-Джей піддався бомбардуванню [2], що призвело до загибелі сотень монахів (у 1959 році кількість ченців, що проживали в Сера-Джей, становила 5629), крім знищення стародавніх текстів і втрати незліченної кількості, безцінні, старовинні та античні твори мистецтва. Багато з тих, хто вижив (монахів і простих людей) після нападу китайців, утекли до Індії, за суворих зимових погодних умов, через Гімалаї. Після цього масового втечі людей з Тибету (включаючи кілька сотень Сера Джей лам, гешів і монахів), коли вони прибули до Індії, їх переселили в Білакуппе поблизу Майсура, штат Карнатака, серед багатьох інших місць, розкиданих по всій країні, як одне ціле. ексклюзивних тибетських закладів за готової допомоги від уряду Індії. Саме в 1970 році група з 197 ченців Сера Джей і 103 ченців Сера Мей заснували спеціальний монастир у переселенні Білакуппе як аналог тибетського монастиря Сера Джей. Оскільки жоден із ченців Нгагпа Драцанга (Тантричний коледж) не пережив вторгнення, в Індії були відновлені лише коледж Сера Мей і Сера Джей. Зараз у монастирі Білакуппе проживає 5000 буддистських ченців, серед яких деякі мігранти та багато інших тибетців, які не народилися на батьківщині своїх предків[1][3].   На лісових землях, виділених урядом Індії, було засновано два відділи монастиря Сера, що представляють ченців-мігрантів із тибетських коледжів Сера Дже та Сера Ме; 193 монахи Sera je отримали 147,75 acres (59,79 ha) і 107 ченців Сера Ме отримали наділ балансової території. Крім того, за гранти уряду Індії було побудовано 38 багатоквартирних будинків, щоб монахи могли проживати та виконувати своє покликання чернецтва в поєднанні з обробітком навколишньої виділеної землі для вирощування продовольчих культур для виживання. Добре заснований як організований монастир завдяки відданим зусиллям монахів, Молитовний зал зборів, який міг вмістити 1500 ченців, також був завершений у 1978 році. Зараз цей монастир є вузловим монастирем, який належить до кількох менших монастирів, розташованих у різних регіонах Тибету; Його популярність можна оцінити тим, що зараз тут проживає 3000 або більше ченців. Підбадьорений цим успіхом і враховуючи тиск на існуючу інфраструктуру, додатковий, набагато більший і вражаючий актовий зал (розміром 23 275 square feet (2 162,3 м2), 31 feet (9,4 m) високий зі 110 стовпами) був побудований, який може вмістити 3500 ченців, щоб зібратися для молитов. Завдяки цій розробці Sera тепер має два аспекти: оригінальну «Tibetan Sera» та Bylakuppe «New Sera» «тибетської діаспори» з аналогами Jé, Mé monasteries, а також нещодавно доданим аналогом коледжу Ngakpa. Чернеча громада Сера-Індія монастиря Білакуппе стала глобальною завдяки своїй місіонерській діяльності, заснувавши «центри дхарми» в багатьох частинах світу, таким чином усунувши культурну ізоляцію Тибету до 1959 року[1].