Самарканд є одним з найдавніших існуючих досі міст у світі. Своїм процвітанням місто завдячує розташуванню на торговому шляху між Китаєм і Середземномор'ям (Шовковий шлях). Деякий час Самарканд був одним з найбільших міст Центральної Азії. Заснований близько 700 р. до Р. Х. персами, Самарканд був столицею Согдіанського сатрапа Ахеменідської династії під владою Персії, коли Олександр Македонський завоював його в 329 р. до Р. Х. (див. Афросіаб, Согдіана). Самарканд був одним з головних центрів Перської цивілізації від її початку.

Незважаючи на перську мову регіону, він не був політично об'єднаним з Іраном між часів Олександра і до арабських завоювань. Греки називали Самарканд, Мараканда[1] . У 6-му столітті він був у складі Тюркського каганату.[2]

На початку 8-го століття Самарканд потрапив під арабський контроль. Під владою Аббасидів, згідно з легендою[3], було отримано секрет виробництва паперу від двох китайських ув'язнених під час Таласької битви в 751, завдяки цьому перші виробництва паперу в ісламському світі, засновані були в Самарканді. Винахід потім поширився на іншу частину ісламського світу, а звідти до Європи.

З 6-го до 13-го століття він був більший розміром і мав більшу кількість населення, ніж сучасний Самарканд і контролювався Західно-Тюркським каганатом, арабами, перськими Саманідами, Караханідською державою, турками-сельджуками, Каракитаями і державою Хорезмшахів що була потім захоплена монголами на чолі з Чингісханом в 1220. Невелика частина населення вижила, але Самарканд було зруйновано. Місто багато десятиліть не могло оговтатися від цієї руйнації.

У 1365 відбулось сербедарське повстання проти монголів на чолі з Маулана-заде, Абу Бекр Келеві і Хурдак Бухарі.[2]

1370 року Тимур кульгавий, або Тамерлан, вирішив зробити Самарканд столицею своєї імперії, яка простяглася від Індії до Османської імперії. Протягом наступних 35 років він збудував нове місто і заселив його ремісниками і майстрами з усіх місць, що він завоював. Тимур здобув популярність як будівничий і Самарканд став центром регіону Мавераннахр. У цей час місто мало населення близько 150 000 осіб.[1]

У 16-му столітті Шейбаніди перенесли свою столицю в Бухару, і Самарканд занепав. Після нападу перського правителя Надир Шаха, місто було спустошено в 1720.[2]

З 1784 Самарканд перебував під владою бухарського еміра.[4]

Місто перейшло під російську владу після захоплення цитаделі військами під командуванням полковника Олександра Абрамова у 1868. Незабаром після цього невеликий російський гарнізон з 500 солдатів було оточено. Наступ, на чолі з Абдул Малік Туром, ворохобників старшого сина бухарського еміра і Шахрисабзького бека, було відбито з важкими втратами. Абрамов став першим губернатором Військового округу, який був створений росіянами вздовж річки Зеравшан, з Самаркандом як адміністративним центром. Російська частина міста була побудована після цього на захід від старого міста.

Самарканд пізніше став столицею Самаркандської області Російського Туркестану, і його значення зросло ще більше, коли Закаспійська (Середньоазійська) залізниця досягла міста в 1888. З 1925 Самарканд став столицею Узбецької РСР. У 1930 столицю перенесено в Ташкент.

На 1939 рік Самарканд мав населення 134 346 осіб.[4]