Місто було закладене 1580 року[1] в Красноставському повіті Холмської землі Руського воєводства великим коронним гетьманом, коронним канцлером німецько-польського походження Яном Саріушем Замойським згідно з ренесансними засадами ідеального міста за проектом італійського архітектора Бернардо Морандо, який перебував у Львові. Міське право було надано 1580 року[2], 1589 року канцлер зробив його центром «Замойської ординації». 1580 року вперше згадується православна церква Вознесіння в місті на замку[3][4]. 1595 року була відкрита Замойська академія, яка стала четвертою академією у Речі Посполитій[1]. У Замойській академії навчалося чимало представників руської (української) еліти[4]. Місто грало важливу роль як фортеця, осередок культури та господарства[5].

1648 року під час козацького повстання місто обложили[pl] козаки на чолі з гетьманом Богданом Хмельницьким[6]. 20 (10) листопада 1648 року між гетьманом Богданом Хмельницьким і новим польським королем Яном II Казимиром укладено мирний договір та знято облогу[6]. 1654 року Замостя облягала шведська армія[7]. 1705 року місто захопило козацьке військо на чолі з гетьманом Іваном Мазепою[7]. 1720 року в церкві святого Миколая в Замості відбувся собор Руської унійної (греко-католицької) церкви[5][4]. У XVII—XIX століттях у Замості діяв унійний Свято-Миколаївський монастир, який належав василіянам[5].

1795 року під час Третього поділу Польщі увійшло до складу Австрії[7]. У 1800 році включене до Варшавського князівства[7][1]. Після поразки наполеонівських військ та після майже річної облоги російськими військами у 1813 році віддійшло до Російської імперії[1][7]. Під час Листопадового повстання 1830—1831 років, поблизу Замостя у лютому-серпні 1831 року, відбулася низка озброєних сутичок між польськими повстанськими загонами і частинами окупаційної російської імператорської армії. У часи входження до складу Російської імперії місто було центром Замостського повіту Люблінської губернії Королівства Польського[2]. До 1866 року використовувалося як фортеця[2].

1872 року місцева греко-католицька парафія налічувала 706 вірян[4]. У 1893 році в Замості налічувалося 10 204 мешканців, з них 6432 євреї, 2915 римо-католиків і 836 православних[2]. Близько 1895 року в місті діяло дві православні церкви, парафіяльний римо-католицький костел, дві синагоги, два єврейські молитовні будинки, повітовий шпиталь святого Лазаря, єврейський шпиталь, дім притулкудва мирські суди (міський та повітовий), повітова управа, великі віськові казарми, міська управа, поштова та телеграфна станція, чоловіча та жіноча середні школи та три початкові школи, 12 промислових підприємств[2]. Базувалися тоді зазвичай полк піхоти, артилерійська бригада та дивізія козаків[2]. У 1907 році до православної парафії належало 343 вірян[4]. 1912 року Замостя та Замостський повіт виключені зі складу Королівства Польського та включені до Холмської губернії безпосередньо Російської імперії[5].

Згідно з Берестейським миром 1918 року Замостя повинно було належати до Української Народної Республіки[5]. З 1918 року місто входило до складу Польщі[7]. 29—31 серпня 1920 року в Замості відбувся бій шостої січової стрілецької дивізії армії УНР під командуванням полковника Марка Безручка, польського 31-го полку канівських стрільців[pl] під командуванням майора Миколая Болтуця[pl] і трьох бронепотягів польської армії, загальною чисельністю менше 4 тисяч чоловік, проти Першої кінної армії Семена Будьонного чисельністю понад 16 000 чоловік.[8] Після кількаденної облоги і безперервного штурму, армія Будьонного не змогла зламати опір захисників міста і зазнавши значних втрат, вимушена була відступити в напрямку Володимира-Волинського.

Розпорядженням міністра внутрішніх справ 8 січня 1934 року з ґміни Нова-Осада Замойського повіту вилучені колонії Каролювка (або Свинки) і Яновіце Мале та фільварок Каролювка (або Свинки) і включені до міста.[9]

У міжвоєнні 1918—1939 роки три православні церкви перетворені на римо-католицькі костели, а в 1938 році польська влада в рамках великої акції руйнування українських храмів на Холмщині і Підляшші знищила ще одну місцеву православну церкву[3].

Відповідно до радянсько-німецького пакту Закерзоння належало до радянської зони впливу. 25 вересня 1939 року місто зайняв радянський 8-й стрілецький корпус. Однак через три дні Сталін обміняв Закерзоння на Литву і в жовтні радянські окупанти передали місто своїм тодішнім союзникам — нацистам[10].

За німецької окупації в 1939—1944 роках у місті діяв Український допомоговий комітет та українська школа[11][1].

У 1975—1998 роках Замостя було центром Замостського воєводства[1].