Мбанза-Конго колись було домівкою Маніконго — правителя Королівства Конго, яке в часи розквіту простягалось від південноафриканського узбережжя Атлантики до ріки Нкісі (Nkisi).

Найперші царі, про яких є згадки, називали місто у своїй переписці «місто Конго» (cidade de Congo), а назва Сан-Сальвадор з'являється вперше у листах Альваро I (1568—1587) і продовжувала використовуватись його наступниками. Назва була повернута після незалежності Анголи у 1975 році.

Коли португальці прибули в Конго, Мбанза-Конго було вже великим містом, мабуть, найбільшим в субекваторіальній Африці, і перший відвідувач 1491 року порівняв його за розміром із португальським містом Евора. Під час правління Афонсо I були зведені кам'яні будівлі, у тому числі палац і кілька храмів. Місто інтенсивно росло, оскільки Королівство Конго теж розширювалось, і церковна заява 1630-х років розповідає, що було проведено 4,000-5,000 хрещень в місті і найближчих районах (ймовірно долинах, які оточують місто), що узгоджується з загальним населенням 100,000 осіб. З них, мабуть 30000 жили на горі, а інші в долинах навколо міста. Серед важливих будівель було близько дванадцяти церков, а також приватних каплиць і ораторій та вражаючий двоповерховий королівський палац, єдина така будівля у всьому Конго, згідно з відвідувачем Джованні Франческо да Рома (1648).

Місто було пограбоване кілька разів під час громадянських воєн у 1665 і покинуте у 1678. Воно було знову заселене у 1705 послідовниками Донья Беатріс (Кімпа Віта) і відновлене як столиця Конго королем Педро IV у 1709. Місто ніколи не було повністю незалюдненим, хоча його населення суттєво коливалося протягом вісімнадцятого і дев'ятнадцятого століть.