Історично земля, де стоїть Собор, століттями використовувалася як кладовище коптів і тут була історична церква.  Є чутки, що в ній знаходилася могила Олександра Македонського, оскільки ця визначна пам'ятка зникла з історії в той же час, коли ця церква була зведена.

Земля була передана Коптській православній церкві в 969 році Джавхаром,як заміна території, яку забрали для будівництва Палацу Ма'ада аль-Муїза в рамках планування нової столиці Єгипту Каїра. [1]

Протягом дванадцятого століття територія містила десять коптських церков, але під час правління Калауна 18 лютого 1280 р. церкви були знищені мусульманами, які переслідували коптів. Згодом були збудовані дві церкви в районі під владою його сина. [1]

У 1943 році Каїрський губернатор намагався відібрати цю територію для громадського користування. В результаті коптській церкві обіцяли залишити контроль над землею за умови, що за наступних п'ятнадцять років на ній буде побудована некомерційна будівля. Так розпочалося будівництво собору.

Собор - це місце, де папа Тавадрос II Олександрійський має свій кабінет, тому безпека тут зазвичай висока. Однак 11 грудня 2016 року, під час мусульманського фестивалю Маулід, на каплицю біля собору атакували терористи, в результаті загинуло щонайменше 25 людей, більшість з яких жінки та діти. [2] [3]