Як установа, Кіпрський музей був заснований у 1882 році під час британської окупації острова за клопотанням кіпрського народу. Петиція була передана до британської адміністрації делегацією на чолі з релігійними лідерами як християнського, так і мусульманського населення. [1] Головною рушійною силою для цієї дії стали кілька незаконних розкопок та контрабанда старожитностей біля острова. Найбільш масштабний з них був здійснений кількома роками раніше Послом Сполучених Штатів Америки Луїджі Пальма ді Чеснола, який незаконно вивіз з острова понад 35 000 артефактів, більшість з яких були знищені транзитом. Багато речей, що залишилося, потрапило до нещодавно сформованого Музею мистецтв Метрополітен у Нью-Йорку і зараз виставляються у власних галереях на другому поверсі. [2]

Початковий музей фінансувався за рахунок приватних пожертв і тимчасово розміщувався в існуючих державних установах. Він переїхав до власного приміщення в 1889 році на вулицю Вікторія та розмістився серед середньовічних стін міста. Будівництво нинішньої будівлі розпочалось у 1908 році і спочатку було присвячене пам'яті британського монарха королеви Вікторії. Його спроектував архітектор Н. Баланос з Афінського археологічного товариства, а будівництвом керував Джордж Х. Еверетт Джеффері, тодішній куратор музею. [3] У 1961 році був завершений другий набір приміщень галерей, комор та офісів.