Гора сформувалася в результаті орогенеза Гімалаїв, що розпочався близько 140 млн років тому. Основні контури гори утворилися близько 7 млн років тому (пізній крейдяний період). 2300 років тому відбувалися процеси підйоми земної кори, в результаті чого утворилися піки Даньсяшані.

Складається з шару червоного пісковика, що є результатом горизонтальної тектонічної геоморфології. На формування вплинула ерозія під впливом проточної води численних струмків та процеси вивітрювання. Наявність червоного пісковика надало місцині помітного червоного відтінку. Звідси походить назва самої гори, яка є типовою для рельєфу Данься.

На території виявлені об'єкти людських культур, що мешкали близько 6000 років тому (пізній неоліт). Також знайдені черепи Людини Маба (аналог європейського неандертальця), що сприяє дослідженню процеси появи Homo sapiens.

За правління династії Цзінь з'являються перші буддійські храми біля гори. В часи Династії Північна Сун біля гори з'являються даоські храми. З 1644 року гора слугувала однією з баз мінського генерала Лі Дінго, що боровся проти манчжурських військ. У 1662 році за наказом імператора Кансі з династії Цін тут почали зводити буддійські храми. У 1683 році з'являються нові храми, до 1714 року — 2 жіночі монастирі.

У 1925—1926 роках під час військових дій військ мілітаристів та армії Гоміньдана значна частина монастирів і храмів була пошкоджена, а також пограбована. У 1928 році проведені перші дослідження гори. Роботи очолював Цзе Чжаосюань. У 1934 році за наказом уряду Чан Кайши розпочалися відновлювальні роботи.

За часів КНР тривалий час споруди були занедбані, а територія гори увійшла в підпорядкування бюро з лісового господарству округу Женьхуа. У 1980 році виділені кошти на нову реконструкцію старовинних будівель. Її було завершено у 1984 році.

У 1988 році створено національний парк. У 1995 році рішенням Державної ради утворено національний заповідник Данься. У 2001 році в межах гори утворено національний геопарк. У 2004 році увійшов до Всесвітньої мережі геопарків. У 2010 році включено до переліку Всесвітньої спадщини в Китаї. У 2011 році на базі Даньсяшань проведено міжнародний симпозіум з геоморпфології.

Має найвищу категорію ААААА за Рейтингом туристичних визначних пам'яток. В середньому на рік має 400 тис. відвідувачів.