Дахла була заснована в 1502 році іспанськими колоністами під назвою Вілья-Сиснерос (ісп. Villa Cisneros). Протягом колоніального періоду іспанська влада зробила місто центром провінції Ріо-де-Оро, однією з двох провінцій Іспанської Сахари. Вони побудували військову фортецю і католицьку церкву, що стали місцевими пам'ятками. Під час іспанської громадянської війни в місті існувала в'язниця, одним із в'язнів якої був письменник Педро Гарсіа Кабрера.

Протягом 1960-х, за часів диктатури Франсиско Франко, у місті був побудований один з трьох аеропортів Західної Сахари — «Дахла». З 1975 по 1979 рік Дахла була центром мавританської провінції Тірис-ель-Гарбія. В даний час[коли?] контролюється владою Марокко.