Біканер був заснований 1465 року раджпутським вождем Біка з клану Ратхорів і став столицею однойменного князівства. Його батько Джодха незадовго до цього заснував Джодхпур, з правителями якого князі Біканера протягом століть перебували в конфлікті. У цій суперечці вони спиралися на підтримку Великих Моголів, яким вірно служили.

Хоча після проникнення в Раджпутану англійців раджі Біканера підписали з ними субсидіарний договір, британська влада розглядала Біканер як гніздо заколоту. Для управління областю було засновано агентство Біканера, підпорядковане урядовому агентству Раджпутани. Незважаючи на складнощі в управлінні, Біканерский верблюжий корпус у роки Опіумних воєн вважався гордістю британської армії.

Старе місто оточене муром, висота якого коливається від 5 до 9 метрів. Шостий біканерский раджа, Рай Сінгх після того, як розбагатів на службі в Акбара, побудував палац-фортецю Джунагарх. Махараджа Ганга Сінгх (1880–1943) найняв архітектора Семюела Джекоба для будівництва нової резиденції в химерному індо-сарацинському стилі. Третій княжий палац, Лалгарх, було споруджено в 1902–1926 роки.