Kyoto (Japonca: 京都市 Kyōto-shi; "başkent başkenti" ya da "başkentlerin başkenti"), Japonya'nın Kyoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehrin nüfusu yaklaşık 1,5 milyondur. 794-1868 yılları arasında ülkenin başkenti olup bin yıllık başkent olarak anılmaktadır. Kyoto, Osaka ve Kobe ile birlikte Keihanshin metropolitan alanını oluşturur. Ayrıca Kyoto protokolü de ismini bu şehirden almaktadır.