Škocjan Mağaraları (Slovence: Škocjanske jame, İtalyanca: Grotte di San Canziano), Slovenya'da yer alan bir mağara sistemidir. Škocjan Mağaraları, istisnai önemi nedeniyle 1986 yılında UNESCO tarafından Dünya Mirası olarak ilan edilmiştir. Uluslararası bilim çevreleri, mağaraların Dünya'daki doğal hazinelerinden biri olarak nitelemiştir. Dünyadaki en önemli mağaralar arasında yer alan Škocjan Mağaraları hem Karst Platosu'nun hem de Slovenya'nın en önemli yeraltı harikalarından biridir. Slovenya, 1991 yılında Yugoslavya'dan bağımsızlığını kazandıktan sonra Škocjan Mağaralarını aktif bir şekilde korumayı taahhüt etti ve Škocjan Mağaraları Bölge Parkı ve yönetim otoritesi Škocjan Mağaraları Parkı Kamu Hizmeti Ajansı'nı kurdu.