Sevakin eski bir yerleşimdir ve Sudan'ın Araplar tarafından ele geçirilmesinden sonra şehir yeniden imar edilmiştir. Sevakin limanı, 13. yüzyılda Badi isimli bir başka limanın terk edilmesinden sonra önemli hale gelmeye başlamıştır. Adanın en büyük ticari rakipleri yakınında bulunan Aydab ve Dahlak limanları olmuştur. 1256'da Mısır'ı kontrol altına alan Memlûk Devleti, ticareti geliştirmek için ve Nübye'deki Hristiyan tehdidine karşı düzenlenen bir sefer sırasında Sevakin'i tahakküm etmiştir. 1317 yılında Sevakin'in yöneticisi her yıl düzenli bir meblağda mal ödeyerek Memlûk egemenliğini resmi olarak kabul etmiştir. Arap yönetimleri altında, Becalar ile evlenmiş Araplar baskın grup olmuştur. 15. yüzyılda limanın çok varlıklı olduğu çeşitli kaynaklar tarafından rapor edilmiştir.[1] Sevakin, 15. yüzyılda kısa bir süreliğine Adal Sultanlığı himayesinde de kalmıştır.[2]

1517'de Yavuz Sultan Selim'in Mısır'ı ele geçirmesi ile Osmanlı topraklarına katılan kent, XIX. yüzyıla dek Osmanlı Devleti'nin bugünkü Eritre, Cibuti ve kuzey Somali'yi kapsayan Habeş Eyaleti valilerinin ikamet ettikleri yer oldu.[kaynak belirtilmeli] Kentin idaresi 1865 yılında Mısır Hidivliği'ne bırakıldı.

1882'de Mısır'ın Birleşik Krallık tarafından ele geçirilmesi sonucunda fiilen Türk denetiminden çıkan kent, 24 Temmuz 1923 tarihli Lozan Antlaşması'nın 17. maddesi uyarınca kesin olarak İngiliz idaresinde Mısır'a bırakıldı. Sudan'ın İngiliz-Mısır idaresinden 1956 yılında bağımsızlığını kazanması ile, Sevakin de Sudan topraklarının bir parçası oldu.

Adanın, 29 Aralık 2017 tarihinde Sudan ile Türkiye arasında yapılan anlaşma sonucunda 99 yıllığına Türkiye'ye kiralanması kararlaştırıldı.[3] Türk yetkililer, adaya askerî üs inşa etmek yerine yıkıntı halindeki tarihi Osmanlı şehrini restore edileceğini ve sivil ve askeri deniz taşıtları için iskele inşa edileceğini açıkladı.[4]