Sokotra MS 1. yüzyıl Yunan seyir defteri Periplus Maris Erythraei eserindeki notlarda Dioskouridou ("Dioscurides'in") olarak geçmektedir. Periplus ait notların çevirisinde, G.W.B. Huntingford Sokotra isminin kökeninin Yunanca olmadığını fakat Sanskritçe dvipa sukhadhara ("mutluluk adası") kelimesinden türediğine dikkat çekmektedir.

Yerel bir geleneğe göre, adanın yerlileri Thomas tarafından MS 52'de Hristiyanlığa çevrilmişlerdir. 10. yüzyıl Arap coğrafyacısı Abu Mohammed Al-Hassan Al-Hamdani kendi zamanında ada sakinlerinin çoğunun Hristiyan olduğunu belirtmiştir. 1507'de Portekiz adadaki Hristiyanları Arap İslami yönetimden kurtararak özgürleştirme nedenini göstererek işgalci kuvveti başkent Suk'a yerleştirmiştir. Ancak bekledikleri kadar hoş karşılanmamışlardır ve dört yıl sonra adayı terk etmişlerdir.

Adalar 1511'de Mahra sultanlarının kontrolüne geçmiştir. 1700'lerin sonunda Sokotra kısa bir süre için Avusturya İmparatorluğu'nun bir parçası olmuştur. Daha sonra 1886'de Kiş ve Sokotra Mahra Eyaleti'nin geri kalanıyla beraber Britanya hamiliğine girmiştir. Britanyalılar için önemli stratejik bir yerdi. P&O gemisi 1897'de 'Aden' Sokotra yakınındaki bir kayalığa çarptıktan sonra batmıştır ve 78 kişi ölmüştür.

1967'de Mahra sultanlığı kaldırılmıştır. Bağımsızlığının ardından, Sokotra Güney Yemen Halk Cumhuriyeti'nin (daha sonra Yemen Halk Demokratik Cumhuriyeti olmuştur) bir parçası olmuştur. Günümüzde Yemen topraklarının içindedir.

2018'de Birleşik Arap Emirlikleri tarafından işgal edildi.[1]