M.Ö 2. yüzyıl kaynaklarında şehir devleti konumunda olan Kaşgar, Büyük Hun İmparatorluğu ile Han Hanedanlığı arasında mücadeleye sahne oldu. Büyük Hun İmparatorluğu M.Ö 1. yüzyıl ortalarında doğu ve batı olarak, doğu da kendi içerisinde kuzey ve güney şeklinde ikiye ayrılmıştı. Bu tarihten sonra Kaşgar'ın da içerisinde olduğu bölge de Çin'in üstünlüğü görülmeye başlamış ve Kaşgar, Çin'e haraç vermeye başlamıştır. M.S 1. yüzyıl başlarında Çin'de çıkan politik karışık sonucunda Kaşgar'ın da içinde bulunduğu şehir devletleri Çin'in denetiminden çıkmıştır. 1. yüzyılın ortalarında Çin'in Güney Hunları'nı hakimiyet altına almış, 80 ve 86 yıllarında da Kaşgar şehrine saldırmıştır. Bu dönemde Çin'in etkinliği görünse de zaman zaman Kuzey Hunları'da Kaşgar üzerinde hakimiyet gösterebilmiştir. Bunun yanı sıra 120 yılındaki tarihi kayıtlara göre Kaşgar, Kuşan İmparatorluğu sınırları içerisinde bulunmaktaydı. 170 yılında Çin saldırılarına maruz kalan şehir bu saldırılara karşı koyabilmiştir. 5. yüzyıl ortalarına doğru Kaşgar şehir devleti, Kuzey Vey hanedanına vergi vermekteydi.[1]

Çin kaynaklarında doğu-batı ticaretinin yapıldığı üç stratejik yoldan birisi üzerinde önemli bir yol üzerinde bulunan Kaşgar, 6. yüzyıl ortalarından itibaren Göktürklerin himayesine girmiştir. 7. yüzyıl başlarında başlayan Göktürk-Tang Hanedanı mücadelesi sonrasında 632 yılında bölgeyle birlikte Kaşgar'da Tang Hanedanlığının himayesine girdi. Bu dönemde şehirde Çin garnizonu bulunmakta birlikte şehrin idaresi yerel hanedanlar tarafından sağlanmaktaydı. 665 yılında Tibet krallığı, Batı Göktürk ve yerel hanedanların desteğiyle Tarım Havzası'na hakim olmuş ancak 673-675'te Kaşgar'la birlikte önemli şehirler yeniden Tang hakimiyetine girdi. Tibet ile mücadelenin sürdüğü bölgede bulunan Kaşgar, 691 yılında yeniden Tang topraklarına katıldı. Tibet, Türk ve Tang güçlerinin çekişmesi arasında kalan Kaşgar şehri 766'da Karluklar'ın eline geçmiştir. Ancak bu egemenlikte kesin olmayıp, şehir Türkler ve Tibetliler arasında zaman zaman el değiştirmiştir.

Tibet Krallığı'nın 842 yılında yıkılmasıyla Kaşgar şehri Türk boylarının egemenliği altında görülmeye başladı. 10. yüzyıl başlarında Karahanlı Devleti başkentlik yapmaya başlayan şehir, büyük bir gelişim göstererek bilim ve kültür açısından da önemli bir merkez konumuna ulaştı. 11. yüzyıl sonlarına doğru Doğu Karahanlı hükümdarı Büyük Selçuklu İmparatorluğu'nun hakimiyetini tanımış ve Kaşgar uç şehri olmuştur. 1141 yılında Katvan'da yapılan savaşta Selçuklular'ın yenilgiye uğratılmasıyla Kaşgar'da Doğu Karahanlı hükümdarlarının yönetiminde kalmakla birlikte Karahitaylar'ın hakimiyetine girdi. Nayman Küçlük tarafından kurtarılan Karahanlı hanedanlığından Ebü'l-Feth Muhammed'in, 1211 yılında Kaşgar'a giderken asi beyler tarafından yolda öldürülmesi üzerine Küçlük tarafından Karahanlı merkezi olan Kaşgar işgal edilmiş ve yağmalatılmıştır. Küçlük döneminde Kaşgar'daki Müslümanlar'ın ibadet etmesi zorlaştırılmış ve Müslümanlar'a Hristiyan ya da Budist olmaları yönünde baskı uygulanmıştır. 1219 yılında Kaşgar şehri Moğol kuvvetlerince ele geçirilmiş ve Müslüman halka da ibadet özgürlüğü getirilmiştir. Cengiz Han ölmeden önce topraklarını oğullarına paylaştırmasıyla Kaşgar'da Çağatay Hanlığı topraklarında yer aldı.Çağatayların zayıflamasıyla Kaşgar gibi birçok şehir emirler tarafından yönetilmeye başlanmıştır. 1399 yılında Timur'un ordusu Kaşgar'ı ele geçirmiştir. Kaşgar, Çağatay hanedanlığı yönetilmeye devam aderken, Timur İmparatorluğu'nun zayıflamasıyla 1478 yılında Duğlat kabilesinden Ebu Bekir Mirza Kaşgar'ı ele geçirdi. Timurlular'ın 16. yüzyıl başında yıkılmasıyla oluşan kısa bir süre karışıklıktan sonra 1514'te Said Han tarafından ele geçirilen şehir, yeni kurulan Yarkand Hanlığı topraklarına katıldı.

 Rus konsolosluğuYarkand ve Cugar Hanlığı dönemleri

Doğu Türkistan'da 1514 ile 1680 yılları arasında Altışehir (Altıshahr) olarak bilinen Hotan, Yarkent, Yengihisar, Kaşgar, Aksu ve Uçturfan gibi şehirleri içine alan bölgede Yarkand Hanlığı, (mamlakati Yarkand, mamlakati Moghuliya, mamlakati Saidiya) egemenlik sürmüştür. Bu dönemde dini olarak önemli bir konumda olan Hocalar'ın hanlar üzerinde etkinliğinin arttığı görülmektedir. Doğu Türkistan'da hocalıklar; Kuça, Karataglık ve Aktaglık olarak üç kola ayrılmış ve 1662 yılında Kaşgar'a vali olan Yolbars Han'ı destekleyen Aktaglık hocalarının merkezi hâline gelmiştir. 17. yüzyıl ortalarında Aktaglık ve Karataglık hocaları arasında başlayan mücadelenin bu yüzyıl sonlarına doğru artması, Yarkand hanının Karataglı hocalarını destekleyerek 1677 yılında Aktaglık hocalarının lideri Appak Hoca'yı Kaşgar'dan kovmasıyla değişik bir boyut kazanmış ve Appak Hoca'nın Tibet'te bulunan Budistlerin ruhani lideri olan Dalay Lama'dan yardım istemesi üzerine Budizmi benimseyen Cungar Han'ı Galdan Han 1678 yılında Kaşgar'ı ele geçirdi. Galdan Han, Kaşgar ve Yarkent'in idaresini vali olarak da tayin ettiği Appak Hoca'ya bıraktı. Hocalıklar arası mücadele içten içe devam ederken Appak Hoca'nın ölmesiyle Yarkent Karataglık hocalarından Dalyan Hoca, Kaşgar ise Aktaglık hocalarının lideri Ahmed Hoca tarafından yönetilmeye başlamıştır. Galdan Han'ın 1697 de ölmesinden sonra yerine geçen yeni han her iki hocayı da esir edip Kaşgar ve Yarkent'i doğrudan Cungar hanlığına bağlamıştır. 1720'de Danyal Hoca Yarkent'e vali tayin edilmiş onun 1735'te ölümüyle de oğullarından Yusuf Hoca Kaşgar'a vali atanmıştır. Yusuf Hoca bir süre gözaltında tutulduğu İli'den bir bahaneyle 1754 yılında Kaşgar'a gelmiş, Cungarlar'ın iç çekişmeler ve Mançular'la olan mücadelede gücünü kaybetmesi üzerine hakimiyetini ilan etmiştir. 1755 yılında Mançular'ın Cungarlar üzerinde hakimiyet sağlamalarından sonra Cungar ve Mançu desteğini alan Aktaglık hocalarından Burhaneddin Hoca tarafından ele geçirildi. böylece Kaşgar, Mançular'ın vassalı olan Cungarlar'ın kontrolünde Burhaneddin Hoca tarafından yönetilmeye başladı

Çin idaresi  2004 yılı Kaşgar sokak görüntüsü

Cungarlar'ın 1757 yılında Mançular'a isyan etmesiyle, Burhaneddin Hoca'da Kaşgar'da bağımsızlığını ilan etmiştir. Ancak Mançular önce Cungarlar'ı ağır bir yenilgiye uğratmış, 1759'da da Kaşgar'ı ele geçirmişlerdir. Mançular Kaşgar'ı ele geçirdiklerinde hocaların hakimiyetini tamamen ortadan kaldırmıştır. Mançular döneminde ticaret ve kültürel yaşam konusunda sıkı kontrollere tabi olmayan şehir İpek yolu güzergahında olmasına rağmen önemini kaybetmeye başlamıştır. Bu dönemde şehirdeki Müslüman halkla ilişkisi kesik olan, Mançu ve Çinli idarecileri, memurlar ve askerlerin bulunduğy yeni şehir inşa edilmiştir. Bölgede hocaların etkinliği kırılmakla birlikte zaman zaman Müslümanlar, Çin idaresine karşı mücadele başlattılar. Mançular'ın kurduğu Çing Hanedanı idaresindeki Çin tarafından Kaşgar Yakup Han (Yakub Beg Badawlat) bölgede bağımsız bir devlet kurdu ve 1872'den itibaren ülkesinde Osmanlı Sultanı Abdülaziz adına hutbe okutmaya başladı. Kaşgar, Yakup Han'ın hükümdarlığı kaynaklarında sık sık söz edilen Yettishahr ("Heptapolis") yedi şehir'den birisidir, diğerleri Hotan (Khotan), Yarkent (Yarkand), Yengihisar (Yangihisar), Aksu, Kuçar (Kucha) ve Korla'dır.[2] Yakup Han'ın ölümünden sonra 1878 yılında Çin tekrar Kaşgar'ı ele geçirdi. Çin yönetimi 1884'te bölgede Sincan vilayetini kurdu. Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti'nin merkezi konumunda olan Kaşgar 1932-1934 yılları arasında Çin ile olan mücadeleye sahne oldu. 1949 yılında Çin'in kurulmasından sonra 1955' te Sincan Uygur Özerk Bölgesi kuruldu. 1985 yılında Çin hükûmetince "tarihsel ve kültürel öneme sahip bir şehir" ilan edildi. 1990'lardan günümüze şehir, Uygur Sorununun yaşandığı yerleşimlerden birisi konumundadır.

^ Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi; kaşgar2 isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: Kaynak gösterme) ^ Svat Soucek, A History of Inner Asia sayfa 265