โบสถ์น้อยซิสทีน (อังกฤษ: Sistine Chapel; อิตาลี: Cappella Sistina) เป็นโบสถ์น้อยภายในพระราชวังพระสันตะปาปา ซึ่งเป็นที่ประทับอย่างเป็นทางการของพระสันตะปาปาในนครรัฐวาติกัน โบสถ์น้อยซิสทีนมึชื่อเสียงในทางสถาปัตยกรรมเพราะเป็นสถานที่ที่ทำให้ระลึกถึงพระวิหารของพระเจ้าโซโลมอนในพันธสัญญาเดิม, การตกแต่ง, จิตรกรรมฝาผนังโดยจิตรกรผู้มีชื่อเสียงในสมัยฟื้นฟูศิลปวิทยารวมทั้งมีเกลันเจโลผู้วาดเพดานของโบสถ์จนที่เป็นที่เลื่องลือ และสุดท้ายคือความสำคัญในการเป็นสถานที่ทำการประชุมเลือกตั้งพระสันตะปาปาองค์ใหม่