Uigurisk khagan från 700-talet.

Innan uigurernas imperium bildades var stäpperna från Mongoliet till Centralasien erövrat av turkar. Det första turkiska imperiet slogs ned av Tangdynastins kejsare Li Shimin, och det andra turkiska imperiet bildades under kejsarinnan Wus regeringstid. Under denna tid var uigurerna en stam som lydde under de regerande turkarna. År 744 slog uigurerna tillsammans med andra underlydande turkfolk, ned det turkiska imperiet, och bildade Uiguriska imperiet vid Ötüken. Deras rike sträckte sig från Kaspiska havet till Manchuriet och varade från 745 till 840, och administrerades från huvudstaden Ordu Baliq.

Efter nödår, inbördeskrig och svält 840, slogs de ned av ett annat turkfolk, kirgiserna. Som en följd av detta flydde många uigurer till vad som numera tillhör Kina, särskilt Xinjiang. Tillsammans med några andra turkfolk bildade de Qocho, eller Qara-Khoja, ett kungadöme som varade till 1209, då Djingis Khan vann dem till Mongoliet. Andra uigurer i nuvarande Kazachstan hade konverterat till islam före 1000-talet, och bildat ett furstendöme som historiker brukar kalla Kara-Khanid-khanatet. Uigurer närmast dessa, kharakojauigurer, eller idiquter, blev buddhister. Dessa båda senare grupper uigurer var först och främst lojala mot sina respektive trosuppfattningar, och inte till sina etniciteter, och Kara-Khanid-khanatet gick samman med Samarkand för att försvara islam mot de buddhistiska uigurerna.

Efter att seldjukerna erövrade Iran blev Kara-Khanid-khanatet dess bundförvanter.

Namnet "uigur" verkar ha använts första gången 1921, med bildandet av Inqilawi Uyghur Itipaqi (Organisationen för revolutionära uigurer), en grupp som var kommunistiska och nationalistiska, med band till Sovjetunionen. Det finns dock belägg för att namnet använts innan dess bland studenter och köpmän i Ryssland. De erkändes officiellt som folkgrupp med Sheng Shicai som frångick den gällande Guomindangpolicyn om Kinas fem raser.[1]

Området införlivades i Folkrepubliken Kina 1949. Den underliggande konflikten mellan uigurer och hankineser har förstärkts under årtiondena sedan 1949. En förklaring till konflikten kan återfinnas i att uigurerna inte själva fått ta del av de naturresurser som finns i Xinjiang i samma utsträckning som inflyttade hankineser. Dessutom har kommunistpartiet inskränkt uigurernas - och andra muslimska minoriteters - religionsfrihet och möjlighet att utöva sin religion.[2]