I mitten av 1000-talet fick flera riken självständighet från Bysans. Det område som senare skulle bli Montenegro blev då en del av furstendömet Duklja. År 1186 införlivades Duklja som en provins i det serbiska kungadömet av storfursten Stefan Nemanja. En senmedeltida föregångare till dagens Montenegro var det serbiska furstendömet Zeta, som blev självständigt från Serbien 1371, även om det redan sedan 1356 hade haft visst självstyre under furst Balša I. Montenegro ingick som en del av Zeta. Det serbiska rikets undergång genom osmanernas seger vid Kosovopolje 1389 brukar räknas som den egentliga utgångspunkten för Montenegros tillvaro som stat.[1] Serbiska skaror som tog sin tillflykt till Zeta fortsatte dock att strida mot de osmanska ockupanterna och lyckades under flera perioder hålla området självständigt, mycket tack vare den svårtillgängliga terrängen.

En av de egentliga grundläggarna av Montenegro var biskopen Danilo Petrović-Njegoš (1697–1735), som avskaffade den folkliga valrätten, så att varje vladika[2] (furstbiskop) själv fick utse sin efterträdare. Därefter kom huset Petrović-Njegoš att regera i Montenegro fram till 1918 då landet anslöt sig till Serbien. Danilo hade nära förbindelser med Ryssland och på så sätt fick landet sin framtida inriktning. Hans dynasti härskade sedan i Montenegro fram till att landet förlorade sin självständighet 1918, efter första världskriget.

Bland härskarna märks Peter I, som var regerande biskop 1781–1830 samt dennes brorson Peter II (1813–1851; regerande biskop 1830–1851). Peter II efterträddes av sin brorson Danilo I (född 1826, furste från 1851). Under hans regeringstid genomfördes såväl administrativa som militära reformer. Han avskaffade vladika-ämbetets andliga karaktär och 1852 antog han titeln knjaz (furste). Danilo blev dödligt sårad den 12 augusti 1860 av den landsförvisade montenegrinen Todor Kadić och avled påföljande dag. Danilo var sedan 1855 gift med Darinka Kvekić (död 1892) men hade ingen son. Han efterträddes av sin brorson, Nikola I.

Montenegro förklarades självständigt från Osmanska riket vid Berlinkongressen 1878.

Den första konstitutionen skrevs 1905 och den 28 augusti 1910 utropades Europas yngsta monarki och Nikola I kröntes till kung. Landet utvidgades med framgång i Balkankrigen 1912 och 1913, då man stred tillsammans med Serbien mot det Osmanska riket. Under första världskriget led man svåra förluster mot den österrikiska armén då man ställt upp på de allierades sida. Den serbiska armén tillsammans med montenegrinska enheter drev dock ut österrikarna i slutet av kriget och befriade Montenegro. 1918 anslöt sig Montenegro till den nybildade serbers, kroaters och sloveners kungarike, från 1929 kallat Jugoslavien.

I samband med Jugoslaviens upplösning i början av 1990-talet valde Montenegro (efter en folkomröstning) att stanna kvar i Jugoslavien tillsammans med Serbien. Dessa två republiker bildade det nya landet som hette förbundsrepubliken Jugoslavien. Slovenien, Kroatien, Bosnien-Hercegovina och Nordmakedonien valde att lämna federationen, vilket ledde till flera krig, främst i Kroatien och Bosnien. Dessa krig brukar i folkmun kallas för de jugoslaviska krigen. Montenegro var tillsammans med Serbien en stridande part. Montenegrinska enheter stred främst i södra Kroatien och Bosnien mot kroatiska förband och deltog i bland annat belägringen av Dubrovnik.

I början av 2000-talet frigjorde sig Montenegro emellertid alltmer från Serbien, och i februari 2003 ersattes federationen Jugoslavien med den lösa statsunionen Serbien och Montenegro. Montenegro tog därefter ytterligare symboliska steg mot ökad självständighet genom införandet av ny flagga och nationaldag 2004. I maj 2006 genomförde Montenegro en folkomröstning för att bryta unionen med Serbien. Självständighetsförespråkarna vann omröstningen med endast några få tusen rösters övervikt. Den 3 juni förklarade sig Montenegro självständigt; den 5 juni förklarade sig Serbien i sin tur självständigt från unionen, som därmed upplöstes, och den 15 juni erkändes Montenegros självständighet av Serbien. Den 28 juni blev Montenegro upptagen som medlem av FN.

Montenegro skrev under EU:s stabiliserings- och associationsavtal den 15 mars 2007 och den 17 december 2010 fick landet formell status som kandidatland[3]. Medlemskapsförhandlingarna påbörjades officiellt den 29 juni 2012.[4]