Ön hade skilt sig från Gondwana (där bland annat Afrika, Antarktis, Australien och Sydamerika ingick) tillsammans med den indiska plattan och landmassan Madagaskar-Indien bröts senare upp. För cirka 120 miljoner år sedan nådde Madagaskar sin nuvarande position.[1]

Madagaskar har varit bebott relativt kort tid, sedan någon gång mellan 200-talet och 500-talet e.Kr. Sjöfarare från Sydostasien (den indonesiska övärlden) och bantufolk från det afrikanska fastlandet anlände ungefär samtidigt. I inhemsk, muntlig historisk litteratur nämns dock ett tidigare folk kallat Mikea.

På 700-talet anlade arabiska sjöfarare handelsstationer längs öns nordvästra kust och de tidigaste skriftliga källorna om Madagaskar historia kommer därifrån. Så småningom började öns olika kungadömen upprätta handelsförbindelser med stadsstaterna Sofala, Kilwa, Mombasa och Zanzibar på swahilikusten. Sakalavariket var länge det mäktigaste av dessa kunga- och hövdingadömen.

År 1500 anlände det första portugisiska skeppet, under Diogo Dias, till Madagaskar men portugiserna gjorde aldrig några kolonisationsförsök. Holländarna försökte i slutet av 1500-talet kolonisera ön, men misslyckades.[källa behövs]

1642 proklamerade Frankrikes kung Ludvig XIII Madagaskar som en fransk besittning.[2] Med hjälp av ett särskilt handelskompani grundat 1664 försökte Ludvig XIV förvandla Madagaskar till ett slags feodalstat där de rikaste franska kolonisterna skulle bilda en ny aristokrati. Förhållandena visade sig dock vara ogynnsamma och kungen tvingades till sist ta över landet för egen räkning.[3] Under tiden i kronans ägo uppkom ständiga kontroverser mellan den kunglige amiral som ledde förvaltningen och nybyggarna. Infödingarna gjorde uppror år 1672, dödade en stor del av fransmännen och reste sig två år senare ännu en gång.[3]

I mer än hundra år försjönk ön sedan i glömska i Frankrike. Först på 1700-talet erinrade man sig åter om planerna från förr. Greve Fayd'herbe de Maudave anlände 1768 till Madagaskar, fick infödingarna på sin sida och förvärvade ett stort landområde. Den franske guvernören på Mauritius lyckades dock redan 1770 se till att Maudave kallades hem.[4] Den ungerske greven Maurice Benyovszky skickades 1774 av Ludvig XV med en truppstyrka till Madagaskar. Han koloniserade det inre av landet så gott han kunde under de svåra förhållandena, men han beordrades efter ett tag att upphöra med verksamheten och lämna ön. Trots att hövdingarna på ön utnämnde honom honom till kung reste han till Paris. Han återvände 1785 till Madagaskar, men guvernören i Mauritius behandlade honom då som konspiratör och lät överfalla och döda honom.[4]

Under slutet av 1600-talet och början av 1700-talet var Madagaskar ökänd för sina pirater. Utöver Saklavariket på öns västra sida blomstrade under den här perioden betsimisarakafolket i öster och det lilla kungadömet Merina i de otillgängliga centrala delarna av ön.[källa behövs]

 

Kung Andrianampoinimerina utvidgade merinariket till stora delar av ön.

Under slutet av 1700-talet började dock Merina expandera genom erövringar och ingiften i andra kungahus och snart kontrollerade Merina i stort sett hela ön. Vid kung Andrianampoinimerinas död kontrollerade han ungefär två tredjedelar av ön och den var i princip enad under hans efterträdare Radama I, vilken 1810 lät utropa hovariket, och lät modernisera landet efter västerländskt mönster. Under drottning Ranavalona I:s regeringstid blev landet, som tidigare haft kontakter med Storbritannien och Frankrike, mer isolerat för att sedan åter öppnas upp efter hennes död 1861. Drottning Ranavalona II lät 1869 döpa sig och inledde en definitiv europeisering av landet. Hon efterträddes 1883 av Ranavalona III. 1882 började Frankrike på nytt göra sina anspråk på Madagaskar. 1885 tvingade man Ranavalona III att erkänna ön som franskt protektorat och att motta en fransk president i huvudstaden. Våldsamma protester i landet ledde 1894 till en öppen brytning.[2]

 

Omslaget till ett franskt planschverk med bilder från invasionen av Madagaskar.

Efter brytningen med Frankrike skickades trupper som utan motstånd besatte ön. 1895 tvingades drottning Ranavalona III till fred, och Madagaskar blev en fransk skyddsstat. Ett uppror 1896 ledde slutligen till att Frankrike samma år förklarade Madagaskar som fransk koloni och 1897 avsattes drottning Ranavalona III. General Joseph Gallieni som kuvat upproret, blev öns förste guvernör.[2] Ranavalona och hennes familj gick i exil i Algeriet, där hon avled 1917[5].

Under 1930-talet fanns önskemål i antisemitiska kretsar om att deportera alla judar från Europa till Madagaskar, vilket kallades för Madagaskarplanen. Denna plan genomfördes aldrig.[källa behövs]

Landet återfick sin självständighet 1960. 1992–1993 hölls demokratiska val, vilket avslutade 17 år av enpartistyre. 1997 vann 1970- och 1980-talens ledare, Didier Ratsiraka presidentvalet, men förlorade 2001 mot Marc Ravalomanana.

Den 14 mars 2009 uppgav ett antal medier att Marc Ravalomanana och regeringen hade avsatts av oppositionen i en icke konstitutionell process.[6] Det var oppositionsledaren och dåvarande borgmästaren i Antananarivo, Andry Rajoelina, som stod bakom denna statskupp och Rajoelina förklarades av högsta domstolen vara president för ett interimistiskt regeringsorgan med ansvar att föra landet mot ett presidentval. 2010 antogs en ny konstitution genom en folkomröstning och därigenom etablerades en Fjärde Republik som bygger vidare på den demokratiska flerpartistruktur den tidigare konstitutionen vilat på. Efter att flera gånger ha blivit uppskjutet[7] hölls i december 2013 slutligen ett nytt presidentval. Valet vanns av Hery Rajaonarimampianina som tillträdde som president i januari 2014.[8]

Andry Rajoelina vann landets presidentval 2018. Detta gjorde att han blivit president i önationen Madagaskar en andra gång,.[9]