Zgodovina modernih utrdb na območju Fenestrelle se je začela leta 1690, ko je kralj Ludvik XIV. Francoski imenoval Nicolasa Catinata za poveljnika francoske vojske proti vojski Savojske vojvodine med devetletno vojno. [1] General Catinat, bolj znan v Piemontu po zmagi v bitki pri Staffardi, uničenju gradu Avigliana in požaru na gradu Rivoli, je razumel nevarnost, ki jo predstavlja dolina Chisone (Val Chisone) za francosko vojsko in se odločil za izgradnjo 3 majhnih utrdb na območju Fenestrelle. Leta 1694 je Nicolas Catinat dobil dovoljenje Ludvika XIV. za izgradnjo utrdbe Fort Mutin. Med vojno za špansko nasledstvo, je to mogočno utrdbo oblegal avgusta 1708 Viktor Amadej II. z vojsko in jo osvojil v 15 dneh.

Ob koncu vojne za špansko nasledstvo je Francija uradno odstopila Fenestrelle in zgornjo Val Chisone vojvodstvu Savoja, kot je zahtevala pogodba iz Utrechta iz leta 1713. [2] Pogodba je dal kraljestvo Sicilije vojvodini Savoja. Zaradi političnih razlogov je bila Kraljevina Sicilija nato zamenjana s Kraljevino Sardinijo leta 1720. [3]

Fort Mutin je bila obnovljena, vendar Viktor Amadej II. ugotovil, da je premalo za zaščito Val Chisone. Tako je naročil vojaškemu arhitektu Ignaziu Bertoli zasnovati in zgraditi kompleks utrdb v Fenestrelle. Bile so povezane z 3 km dolgim zidom, z notranjim stopniščem s 3.996 stopnicami, edinstvenimi v Evropi in zunanjim stopniščem z 2.500 stopnicami. Gradnja se je začela poleti leta 1728 in končala leta 1793; potem pa se je spet začela leta 1836 in dokončno končala leta 1850. Poleg Ignazio Bertola so na Fenestrelle delali tudi drugi inženirji in vojaški arhitekti, med njimi: Vittorio Amedeo Varino de La Marche, Lorenzo Bernardino Pinto (ki je bil eden od Bertolejevih vajencev in delal tudi na Fort Exilles), Nicolis di Robilant Carlo Andrea Rana.

V času Napoleonove dobe, ko je bila Fenestrelle spet pod francoskim vplivom, so jo uporabljali kot zapor francoskega cesarstva: pomembna zapornika sta bila Joseph de Maistre (1. april 1753 – 26. februar 1821, filozof, pisatelj, pravnik in diplomat) in Bartolomeo Pacca (27. december 1756 – 19. februar 1844, italijanski kardinal). V zaporu je bil tudi Pierre Picaud, katerega zgodba je bila navdih za Edmonda Dantesa, glavnega lika v Dumasovem romanu Grof Monte Cristo. Kraljevina Sardinija je v trdnjavi zapirala politične zapornike, zagovornike Mazzinija in skupne kriminalcev, vključno škofa Luigija Fransonija.

Leta 1861, po združitvi Italije, je bilo nekaj podpornikov Kraljevine Dveh Sicilij (večinoma vojakov, vendar število ni znano), zaprtih v trdnjavi, ki je za nekatere revizionistične akademike postala koncentracijsko taborišče. Več Garibaldijevih in podpornikov papeške države je bilo tudi zaprtih tukaj.

Potem ko se je Kraljevina Italija pridružila Trojni zvezi leta 1882, je bila utrdba nadgrajena. Po letu 1887 je postala sedež Fenestrellskega bataljona tretjega Alpinskega polka.

Po drugi svetovni vojni je bila utrdba zapuščena in prepuščena propadanju, večina razpoložljivega materiala je bila izropana. Leta 1990 se je začela akcija obnove, ki jo vodi skupina prostovoljcev, ki se imenuje Progetto San Carlo (ONLUS).