Obstaja veliko različnih interpretacij o izvoru tega priljubljenega festivala. Nekateri zgodovinarji menijo da je njegov izvor posledica šale. Na mestnem trgu naj bi nek mladenič pel in igral, ko je skupina mladih ljudi, ki so ga poslušali, vanj začela metati paradižnike, ki so jih vzeli iz stojnice za sadje in zelenjavo. Vsi na mestnem trgu so se takrat odločili pridružiti in tako so končali v bitki s paradižniki.
V Tarazoni (Zaragoza) pravijo, da je tako imenovani »El Deivi« dal povod za Tomatino. V Tarazoni se že od nekdaj praznuje vsak 27. avgust, znan tudi pod imenom Tomatada. To je zabava, kjer se celotno mesto v bitki s paradižniki nahaja v prelepi Plaza del Ayuntamiento, vendar vsak z različnim ciljem in drugačno tradicijo.

Govori se, da je »El Deivi« na enem od svojih potovanj po Španiji v času praznovanja, predlagal, da se ustvari bitka s paradižniki, medtem ko je užival v festivalih mesta Buñol. Leta 1949 so ljudje sprejeli njegov predlog. Ta dogodek se je ponavljal iz leta v leto in dosegel sodobne čase. V čast Deiviju so predlagali poimenovanje ulice po njem in zgraditev kipa na samem mestnem trgu. Ker verodostojnost zgodbe ni bila nikoli dokazana, tega niso izvedli, v mestu Buñol pa še danes obstajajo nasprotujoča si mnenja.
Najbolj zanesljiva zgodovinska različica pravi, da se je vse začelo leta 1945. Mestni trg (kjer se danes tradicionalno praznuje Tomatina) je bil poln mladih, ki so bili priča festivalu »Velikani in Velikoglavci« (gre za parado ogromnih karnevalskih figur z grotesknimi glavami). Nekateri so se odločili, da se pridružijo procesiji, ker so želeli sodelovati. To dejanje je povzročilo zavračanje s strani organizatorjev. Začeli so se boriti proti ljudem, ki so nosili te ogromne kostume. Eden od udeležencev je padel in ko je vstal,je izzval boj s tistim, ki mu je bil najbližji. Po naključju je tam stalo stojalo z odprtimi škatlami polnimi zelenjave.

Naslednje leto, na isto sredo v avgustu, so se dogodki ponovili; edina razlika je bila ta, da so demonstranti prinesli paradižnike od doma. Bitko je tudi tokrat ustavila policija. V naslednjih letih so oblasti prepovedale praznovanje, vendar se je ta zabava praznovala še vedno praznovala,tako ali drugače. Leta 1957, ni bilo možnosti za izvedbo Tomatine, zato so nekateri mladeniči načrtovali praznovanje imenovano »pogreb paradižnika« skupaj s pevci, glasbeniki in komedijanti. Sledila je nenavadna manifestacija ob spremljavi pogrebne marše, v središču pozornosti pa je bila krsta z velikim paradižnikom v notranjosti. Po tem dogodku so oblasti odobrile vrnitev Tomatine. Leta 1959 se je vrnila, pod določenimi pravili in pogoji. Ena izmed sprememb je bil dogodek »palo jabon«, ki poteka eno uro pred začetkom Tomatine.
Prav tako pomemben trenutek v zgodovini tega festivala je leto 1975. Od tega leta naprej je vojska San Luis Betrana, zaščitnika mesta Buñol, organizirala celotno zabavo in prevzela odgovornost glede dobave paradižnikov ( prej so za to skrbeli lokalni prebivalci). Kmalu zatem, leta 1980, je mestni svet prevzel vajeti pri organizaciji festivala.
Tomatina je postala priljubljena tudi v preostalih delih Španije, zahvaljujoč poročilu Javierja Basilia, ki je bil leta 1983 predvajan na televiziji. Od takrat naprej se je število udeležencev in navdušenje nad Tomatino vsako leto povečalo. Velik uspeh zabave je pripeljal do tega, da jo je leta 2002 generalni sekretariat za turizem razglasil za Festival mednarodnega turističnega interesa.
Od leta 2013 naprej se je občina Buñol odločila omejiti zmogljivost zabave. Uvedli so obvezni nakup vstopnic za sodelovanje, ki jih je potrebno kupiti preko uradnega distributerja, tako da število udeležencev ne presega števila 22.000. Na ta način zagotavljajo večje udobje in varnost za udeležence.