Glede na arheološke najdbe je bil plato na mestu današnjega Quita naseljen že okoli leta 1500 pred našim štetjem. Tukaj naj bi živelo poljedelsko ljudstvo Cotocollao kulture, ki jo je mogoče datirati do približno 500 pr. n. št.. Zgodovinski podatki iz tega obdobja niso znani. V 14. in 15. stoletju je bilo več naselij v kotlini reke Guayllabamba z lokalnimi vldarji. Med njimi je obstajalo tudi naselje na območju današnjega Plaza San Francisco v starem mestnem jedru Quita (Španci so ga kasneje imenovali Tianguez). Ni dokazov, da so bila naselja pod eno politično oblastjo, vendar domnevajo, da so bili povezani z zakonskimi zvezami. Prebivalci severnega dela kotline naj bi se imenovali, po navedbah španskega kronista Pedra Cieza de Leona, Zambizas (področje med Quitom, Pillajos in Collaguazos). Območje današnjega starega dela Quita naj bi naseljevali prebivalci kulture Caras, medtem ko naj bi bili v južnem delu Panzaleos. Položaj je bil, poleg trgovskega in strateškega pomena, tudi stičišče andskih ljudstev Quijos iz nižin Amazonije in ljudstev Yumbo iz zahoda. Več kot štiri stoletja je bil Quito kraljestvo (shyris).

Ljudstvo Caras in njihovi zavezniki so bili poraženi v epskih bitkah Tiocajas in Tixán v letu 1462. Porazila jih je vojska 250.000 vojakov pod vodstvom 11. inkovskega cesarja Huayna Capaca, ki nato leta 1493 ustanovi drugo prestolnico Inkovskega imperija, Quito. Po Capacovi smrti je v Quitu leta 1530 prevzel oblast njegov sin Atahualpa in tik pred prihodom Špancev, v državljanski vojni premagal brata Huascarja.

Inkovski imperij je imel obsežno upravo, ki je bila na čelu zapletenega sistema pokrajinskih prestolnic, kakršen je bil tudi Quito. Quito je bil trgovsko mesto, v današnjem starem delu Quita pa je bilo versko in politično središče. Območje je segalo od današnje Riobambe na jugu in Otavala na severu ter bilo poleg Cuzca in Cajamarce eno najpomembnejših mest v inkovskem imperiju. Upravna oblast je bila centralizirana (za potrebe poljedelstva, zbiranja in razdeljevanja hrane, rokodelstva, upravljanja s cestami in mostovi). Vojska je skupaj s sistemom slov in utrdbami vzdrževala cesarjevo oblast. Imeli so delavnice za lončevino, tkanje in obdelavo kovin, kar so v okolici Quita še danes poznane obrti.

Neposredno po prihodu v Andsko višavje leta 1534 Španci zasedejo ozemlje današnjega Ekvadorja. 6. decembra 1534 konkvistador Sebastián de Belalcázar na ostankih starega Quita ustanovi mesto San Francisco de Quito.

V 16. stoletju je bil Quito regionalni center. Leta 1563 kralj Filip II. Španski ustanovi Real Audiencia de Quito, to je vrhovno sodišče za območje, ki sega vse do juga današnje Kolumbije na severu in do Peruja na jugu ter na vzhodu do izliva reke Napa v Amazoniji. Predsednik sodišča je bil guverner Quita, sopredsedujoči pa podkralj Peruja.

Avtohtono prebivalstvo je živelo v naseljih v okolici, mestno prebivalstvo pa je nadaljevalo s trgovanjem in storitveno dejavnostjo. frančiškanom so v 16. in 17. stoletju sledili dominikanci, kasneje še avguštinci in jezuiti.

V začetku španske kolonialne vladavine je bila družba dvojna: španski zavojevalci, lastniki zemljišč in redovniki na eni strani in avtohtono prebivalstvo na drugi strani. Od začetka 17. stoletja ima cvetoča proizvodnja volnenih tekstilij za posledico trajne povezave med mesti in podeželjem ter hitro rast mest.

Na začetku 18. stoletja je gospodarstvo nazadovalo, španska država je v svojih kolonijah zašla v finančne težave. Za Quito je to pomenilo predvsem zapiranje proizvodnje volnenih izdelkov. Dinamika rasti mesta je močno upadla. Vse več je bilo nezadovoljstva z davčno obremenitvijo, zato leta 1765 sledil upor proti monopolu države nad proizvodnjo in prodajo alkohola in tobaka. Upor se je končal brez posledic.

Med letoma 1737 in 1743 je francosko-španska družba Geodesic Mission obiskala Ekvador. Vodil jo je Charles Marie de La Condamine. Namen je bil določiti točno lokacijo ekvatorja in pridobiti vpogled v obliko zemlje. Ekvador naj bi bil v tistem času najbolj ustrezen kraj za določitev ekvatorialne linije (drugje so bila bodisi neprehodna območja ali ocean).

 

Spomenik bitki za osvoboditev Quita

Kljub tujim vplivom je Quito ostal nedostopen za nove ideje. Do 18. stoletja prevladuje konservativna aristokracija in katoliški red. Najpomembnejši kritik teh razmer je bil Eugenio Espejo, ki je ideje razsvetljenstva skušal širiti tudi v latinskoameriške kraje.

V času francoske revolucije je 10. avgusta 1809 tudi v Quitu prišlo do gibanja, ki ga je vodil Juan Pio Montúfar, ki je imelo za cilj osvoboditev od Španije. Voditelji zvesti španski kroni so ta upor, s pobojem voditeljev v avgustu 1810, zatrli. Kasneje lokalni zgornji razred mestizos pridobi od oblastnikov v Španiji več vpliva. Boj za vpliv te elite je bil kasneje tudi pomembna gonilna sila vojne za neodvisnost. Veriga konfliktov je bila sklenjena 24. maja 1822, ko je Antonio José de Sucre, pod poveljstvom Simona Bolivarja vodil vojsko v bitki na pobočjih Pichinche. Njuna zmaga je prinesla neodvisnost Quitu in okolici.

Naslednjih osem let je bil Ekvador nato del Republike La Gran Colombia (območje je obsegalo današnjo Kolumbijo, Venezuelo in Ekvador). Leta 1830 se je Ekvador končno osamosvojil, za glavno mesto je bil določen Quito.

V nemirnem 19. stoletju so se oblasti zelo pogosto menjavale, ubitih, umorjenih, zastrupljenih je bila cela vrsta voditeljev in duhovnikov. 4. septembra 1895 je po več spopadih postal predsednik Ekvadorja liberalni poveljnik Eloy Alfaro. Ta je izvedel obsežen program modernizacije in sekularizacije države. Po dokončanih dveh mandatih se je leta 1911 preselil v Evropo. Ko se je leta 1912 vrnil v Ekvador, se je poskušal vrniti tudi na oblast a so ga 28. januarja 1912 aretirali, vrgli v ječo in umorili po tem ko so vdrli v zapor.

Obdobje liberalizma v Ekvadorju je bilo konec julija leta 1925, ko je sledil prvi v nizu vojaških udarov. Leta 1932 je izbruhnila štiridnevna državljanska vojna. Podobni nemiri so se nadaljevali skozi celo 20. stoletje. José María Velasco Ibarra je bil po dolgem času konservativni politik z dragoceno podporo v andski regiji. Bil je ustanovitelj liberalne stranke in nadarjen govornik. Predsednik je bil petkrat in štirikrat strmoglavljen s strani vojske. Zadnji padec Velasco Ibarra se je zgodil februarja 1972 po devetih letih vodenja vojaške diktature.

Po vrnitvi k demokraciji v letih 1978/79, je sledila gospodarska kriza, ki jo je povzročil padec mednarodnih cen nafte in velika rast prebivalstva. Prebivalci Quita so bili znani po uporništvu. Večkrat so organizirali množične demonstracije in splošne stavke s ciljem zamenjati predsednika: leta 1997 je bil prisiljen odstopiti Abdalá Bucaram, leta 2001 Jamil Mahuad, leta 2005 Lucio Gutierrez.