Jame v bližini Meteore so bile naseljene že v prazgodovini pred 50.000 in vse do 5.000. Najstarejša kamnita struktura, ki jo je naredil človek, je bila tam narejena pred 23.000 leti, verjetno kot obramba pred hladnimi vetrovi, saj je bila v tem času ledena doba. V jamah so odkrili veliko paleolitskih in neolitskih artefaktov. [1] [2]

V 9. stoletju so asketski menihi naselili Meteoro, bili so prvi po neolitiku, ki so živeli na tem področju. Živeli so na skalah na višini tudi do 550 metrov nad planino. Taka višina in klifne skale so zagotavljali samoto za samotarsko življenje. Menihi so se srečevali samo ob nedeljah in posebnih dnevih za čaščenje in molitve v kapeli na skali znani kot Dhoupiani. Točen čas ustanovitve samostana ni znan. Leta 1344 je Athanasios Koinovitis pripeljal skupino vernikov z gore Athos na Meteoro. Leta 1921 je romunska kraljica Marija obiskala Meteoro in bila s tem prva ženska, ki je kadarkoli stopila v Veliki samostan Meteoron. V dvajsetih letih 20. stoletja so bile v skalo vklesane stopnice in dodan je bil most z bližnje planote. Med drugo svetovno vojno je bilo mesto bombardirano in več umetnin je bilo ukradenih. Do danes se je ohranilo šest samostanov, od teh so štirje namenjeni moškim in dva ženskam. Vsak samostan ima manj kot 10 prebivalcev. Samostani so sedaj turistična atrakcija.