Kupola na skali je po križarski zasedbi Jeruzalema in ustanovitvi Jeruzalemskem kraljestvu prešla v posest avguštincev, ki so jo preuredili v katoliško cerkev. Sosednja mošeja Al-Aqsa je leta 1104 postala kraljeva palača Baldvina I. Jeruzalemskega. V 12. stoletju je bil v Kupoli na skali tudi sedež vitezov templjarjev, ki so bili prepričani, da stoji mošeja na mestu nekdanjega Salomonovega templja. Imenovali so jo tudi Templum Domini in jo upodobili na uradnem pečatu velikih mojstrov reda Evrarda de Barresa in Regnauda de Vichiera. Mošeja je postala model za templjarske cerkve po Evropi.

2. oktobra 1187 je po 88 letih križarske oblasti Saladin osvojil Jeruzalem in Kupola na skali je spet postala muslimansko svetišče. Križ na vrhu kupole so zamenjali z zlatim polmesecem, skalo v mošeji pa so ogradili z leseno ograjo. Preureditev mošeje je vodil Saladinov nečak al-Malik al-Mu'azzam Isa.

V času mamelukov (1250-1510) je bila mošeja pod posebnim varstvom mameluških sultanov.

Med vladanjem Mahmuda II. so na mošeji leta 1817 opravili obsežna restavratorska dela. Leta 1845 so obnovili tudi sosednje samostojno stoječo Prerokovo kupolo (arabsko Qubbat an-Nabi), imenovano tudi Gabrijelova kupola (Qubbat Jibril), ki je bila zgrajena leta 1538 in prvič obnovljena leta 1620.

11. julija 1927 je močan potres uničil velik del tistega, kar so na kupoli opravili v prešnjih letih.

 

Skala

V času jordanskega vladanja v Jeruzalemu je bil Judom vstop v Staro mesto prepovedan. Po izraelski zmagi v Šestdnevni vojni (5.-10. junij 1967) je prišla Kupola na skali pod oblast Izraela. Prebivalstvo je postalo do musliman zelo nestrpno in rabin Šlomo Goren je od generala Uzija Narkisa celo zahteval, da vojska zaminira Omarjevo mošejo. Njegovo zahtevo so zavrnili in jo kasneje celo zanikali. Odnosi so se kmalu umirili in Šlomo Goren je še istega leta obiskal Kupolo na skali in s seboj nosil toro in šofar.

Po zmagi v Šestdnevni vojni so na Kupolo na skali obesili izraelsko zastavo, a so je na zahtevo generala Moše Dajana po nekaj urah sneli in Tempeljski hrib z znak sprave prepustili v upravljanje muslimanom.

Sionistična gibanja ortodoksnih Judov še vedno zahtevajo, da se Kupolu na skali prestavi v Meko in na njenem mestu zgradi Tretji tempelj. Takšna zahteva je zaradi svetosti zgradbe in samega prostora skrajno sporna.

Leta 1955 so začeli s pomočjo Jordanije, arabskih držav in Turčije mošejo prenavljati. Najprej so zamenjali mnogo keramičnih ploščic, ki so bile še iz časa osmanskega sultana Sulejmana Veličastnega in jih je uničilo vreme. Leta 1960 so svinčene plošče na kupoli zamenjali z bolj trajnimi ploščami iz aluminija in brona. Dela so zaključili avgusta 1960. Leta 1998 so z donacijo jordanskega kralja Huseina, ki je znašala 8,2 milijona dolarjev, kupolo znova pozlatili, za kar so porabili 80 kg zlata.