Civita di Bagnoregio so pred več kot 2500 leti ustanovili Etruščani. Včasih je bilo pet mestnih vrat za dostop do starodavnega mesta Civita, danes pa so Porta Santa Maria (znana tudi kot Porta Cava) glavna vrata mesta. V mesto je možno vstopiti iz doline po predoru vklesanem v skalo.

Razporeditev celotnega mesta je etruščanskega izvora, in temelji na pravokotnem uličnem sistemu cardo in decumanus po etruščanski in rimski rabi, celotna arhitekturna obloga pa je srednjeveškega in renesančnega izvora.

V Civiti obstajajo številni sledovi etruščanske civilizacije, zlasti na območju San Francesco Vecchio: v pečinah na območju pod Belvedere di San Francesco Vecchio so našli majhne etruščanske nekropole. Jama svetega Bonaventure (kjer naj bi sveti Frančišek ozdravil malega Giovannija Fidanza, ki je kasneje postal sveti Bonaventura) je tudi etruščanska komorna grobnica.

Etruščani so iz Civite (katere prvotno ime ni znano) naredili cvetoče mesto, zahvaljujoč strateškemu položaju, ugodnemu za trgovino in bližini najpomembnejših komunikacijskih poti tistega časa.

Številne sledi etruščanskega obdobja so še vedno prisotne: tako imenovani Bucaione je na primer globok rov, ki gre skozi najnižji del mesta in omogoča dostop do doline neposredno iz mesta.

V preteklosti so bile vidne številne komorne grobnice. Izkopali so jih ob vznožju pečine in bližnjih tufastih stenah, skozi stoletja pa jih je uničilo več skalnih podorov. Dejansko so se morali Etruščani soočiti s težavami potresne aktivnosti in nestabilnosti, kot je bil potres leta 280 pr. n. št. Ko so leta 265 pr. n. št. prispeli Rimljani, so prevzeli in uporabili odvodnjavanje deževnice in zadrževanje potokov, ki so jih prvi začeli Etruščani.

Civita (ali mesto) je bila rojstna hiša svetega Bonaventure, ki je umrl leta 1274. Njegova rojstna hiša je že zdavnaj padla z roba pečine. Do 16. stoletja je mesto Civita di Bagnoregio začelo propadati, zasenčilo ga je nekdanje predmestje Bagnoregio.[1]

Konec 17. stoletja sta bila škof in občinska vlada prisiljena preseliti se v Bagnoregio zaradi velikega potresa, ki je pospešil propadanje starega mesta. Takrat je bilo to območje del Papeške države. V 19. stoletju se je lokacija Civita di Bagnoregio spreminjala v otok in hitrost erozije se je pospešila, ko je bila na območju današnjega mostu dosežena plast gline pod tršim kamnom.

Bagnoregio je še naprej majhno, a uspešno mesto, medtem ko je starejše najdišče v italijanščini postalo znano kot La città che muore ('Umirajoče mesto'). Civita di Bagnoregio je šele pred kratkim začel doživljati turistično oživitev.

CNN je januarja 2020 'pretirani turizem' povezal z odločitvijo župana, da bo za vstop zaračunaval manjšo pristojbino, kar je povečalo oglaševanje in posledično prisotnost. CNN je tudi opozoril, da je mesto imelo več mačk kot svojih 12 človeških prebivalcev.[2]

Edini dostop je brv iz bližnjega mesta, cestnina je bila uvedena leta 2013 in povečana avgusta. Civita je imela leta 2010 40.000 obiskovalcev, leta 2017 pa naj bi privabila 850.000 obiskovalcev. Zaradi cestnine so bili v Civiti in bližnjem Bagnoregiu ukinjeni komunalni davki, zaradi česar je Bagnoregio edino mesto brez komunalnih taks v Italiji.