Mesto Bahčisaraj in palačo je naročila rodbina Krimskih kanov, ki je svojo prestolnico sem preselila iz Salaçıqa v prvi polovici 16. stoletja. Kompleksno zasnovo palače in minaretov so v 16. stoletju zgradili osmanski, perzijski in italijanski arhitekti. Kasnejše poškodbe so zahtevale delno rekonstrukcijo, vendar je struktura še vedno podobna prvotni obliki. Nekatere stavbe, ki so trenutno v palači, so bile prizidane pozneje, nekatere prvotne stavbe pa niso zdržale dlje od 18. stoletja.[1]

Leta 2017 je bila palača predmet obnove, ki jo je izvedla moskovska skupina Atta Group, podjetje z malo izkušnjami na področju zgodovinskega ohranjanja.[2][3] V okviru postopka so bili stoletni hrastovi tramovi palače odstranjeni in zamenjani z betonom, odstranjene so bile originalne ploščice, poslikave iz 18. stoletja pa so bile poškodovane zaradi vodnega toka pod visokim pritiskom. Poleg tega so se na fasadi objekta pojavile razpoke in med tlačnim čiščenjem je odpadel omet.[4] V odgovor na domnevno škodo je ministrstvo za zunanje zadeve Ukrajine poslalo protestno obvestilo Unescu, ki upravlja svetovno dediščino, saj je bila Bahčisarajska palača leta 2003 dodan na poskusni seznam območij svetovne dediščine organizacije.[5]