Prvé zmienky o meste pochádzajú z druhej polovice 19. storočia. Mesto bolo známe pod názvom Gondokoro a nachádzala sa v ňom misijná stanica. V roku 1947 bola v meste Juba podpísaná dohoda o spojení Severného a Južného Sudánu. Neskôr sa mesto stalo jednou z opôr boja za nezávislosť Južného Sudánu.