Svoju históriu mesto začalo pár storočí pred rokom 1000 po Kr., kedy bolo obývané Maymi. Okolo roku 1000 si kmeň Toltékov podmanil túto už takmer opustenú oblasť a zvolil si Chichén Itzá za svoje hlavné mesto. Stalo sa významným centrom, ktoré ovládalo severnú a strednú časť polostrova. Taktiež bolo dôležitým kultovým centrom. Na začiatku 13. storočia vládca vyspelejšieho, južnejšie položeného mesta Mayapán obsadil mesto. V čase dobyvačných vojen proti pôvodnému obyvateľstvu španielskymi konkvistadormi Francesco de Montejo a jeho syn vytvorili z Chichén Itzá stoličné mesto a nazvali pyramídu El Castillo (šp. hrad).