Мечеть на картине В. Верещагина. 1860 год.

Как указывает Мешедиханым Неймет, мечеть, судя по сообщению азербайджанского историка XIX века Мирза Джамала, автора «Карабахнаме», была построена по распоряжению Ибрагим хана «в 1182 году (1768—1769 гг.)»[1]. Одна из надписей в мечети, по данным М. Нейматовой (Неймет), гласит[1]:

Была известна как мечеть Ибрагим-хана. В 1801 году при мечети была основана школа-мектеб[2].

По словам азербайджанского советского историка архитектуры Эльтурана Авалова, Верхняя мечеть стоит на основе исторического ядра города[3].

Мечеть была достроена азербайджанским архитектором Кербалаи Сефи-ханом Карабаги по распоряжению дочери Ибрагим хана Гевхар-аги в 1883—1885 годах[1].

 

Мечеть в феврале 1992 года

По данным Салимовой А. Т., мечеть Гевхар-аги имеет присущую мечетям карабахского региона организацию внутреннего пространства — членение каменными колоннами на двухэтажные галереи и использование купольного перекрытия. В таком стиле построены также мечеть в городе Барда (1860 г.), мечеть Ашагы Гевхар-аги (1874—1875 гг.), мечеть Джума (1768 г.), Агдамская мечеть (1868—1870), мечети в городе Физули (1889 г.) и в селении Горадиз[4].

Мешедиханым Неймет описывает ряд других надписей. На главном фасаде мечети имеется арабоязычная надпись:

Внутри розеток, расположенных выше, рельефно высечена надпись также на арабском языке:

Перед мечетью имелся «разделенный на две половины фонтон. В розетке на перегородке вписано по-арабски: „Сделал Кербалаи Сафи хан, архитектор Карабахский. 1301“ (1883—1884 гг.).»[1].

В советские годы мечеть вошла в список охраняемых государством исторических памятников и стала использоваться в качестве краеведческого музея. Застройка перед мечетью (кроме медресе), выходившая на площадь Мейдан, была разобрана, а на её месте был разбит сквер. В результате реконструкций главный фасад мечети оказался полностью раскрытым на Мейдан[5].

 

Древнее кладбище при мечети, 2017 год

 

Мечеть в 2014 г.

 

Мечеть в 2021 г.

 

Мечеть в 2018 году

После перехода в 1992 году Шуши под контроль непризнанной Нагорно-Карабахской Республики мечеть прекратила своё функционирование. По состоянию на 2005—2007 гг. мечеть находилась в полуразрушенном состоянии: отсутствовал фронтон, была повреждена облицовочная плитка[6][7][8][9].

В 2007 году было сообщено о начале работ по восстановлению мечетей Шуши[10][11]. В рамках проекта по сохранению мусульманских памятников на территории Нагорно-Карабахской республики на средства из государственного бюджета страны были произведены работы по очистке мечети и ограждению прилегающей территории[12], что вызвало неоднозначную реакцию жителей города[13].

В ноябре 2020 года в результате возобновившихся в Нагорном Карабахе боевых действий город Шуша был возвращён под контроль Азербайджана, и впервые за прошедшие 28 лет мусульмане (азербайджанские военнослужащие) смогли совершить молитвы в мечети[14][15][16]. 14 января 2021 года Джума мечеть посетил президент Азербайджана Ильхам Алиев и его супруга Мехрибан Алиева. Алиев подарил мечети привезённый из Мекки Коран[17][18][19][20].