Буддийский храм существовал на месте Ват Арун еще со времен Королевства Аютия. Тогда он был известен как Ват Макок, в честь деревни Банг Макок, в которой он был построен. (Макок — тайское название растения Spondias pinnata.) По словам историка принца Дамронга Раджанубаба, храм был изображен на французских картах во время правления Нараи (1656—1688 гг.). Храм был переименован в Ват Ченг Таксином (1767—1782 гг.), когда он основал свою новую столицу Тхонбури рядом с храмом после падения Аютия[1]. Считается, что Таксин поклялся восстановить храм, пройдя его на рассвете.

В храме хранился Изумрудный Будда, пока в 1784 году не был перенесен в Ват Пхра Кео, который находится на восточном берегу реки Чаупхрайя. Во время правления Таксина ват Арун находился на территории королевского дворца, прежде чем его преемник Рама I (1782—1809 гг.) перенес дворец в другой берег реки. Он был заброшен до правления Рамы II (1809—1824 гг.), который восстановил храм и начал работу над увеличением высоты главной пагоды до 70 м. Работы над пагодой начались во время правления Рамы III (1824—1851 гг.). Главный пранг был завершен в 1851 году, после девяти лет непрерывного строительства[2].

Храм подвергся капитальной реставрации во время правления Чулалонгкорна (Рамы V, 1868—1910 гг.) и в 1980 году, перед празднованием двухсотлетия основания Бангкока. Наиболее масштабные реставрационные работы на пранге проводились в период с 2013 по 2017 год, в ходе которых было заменено значительное количество разбитых плиток, а для повторной отделки многих поверхностей использовалась известковая штукатурка (взамен цемента, использованного во время предыдущих реставраций). Когда в 2017 году работы подошли к концу, фотографии результатов вызвали некоторую критику в адрес нового внешнего вида храма, который казался более бледным по сравнению с его предыдущим состоянием. Департамент изящных искусств выступил в защиту работы, заявив, что она была сделана таким образом, чтобы отразить первоначальный вид храма[3][4].