Остатки жилищ айнов обнаружены на склонах бухты Янкича. Остров обычно навещался другими айнами летом и до принятия ими православия считался священным: согласно поверьям именно здесь обитал дух бога грома (айнского аналога Перуна).

Исследователь Д.М. Позднеев говорит об айнском происхождении названия островов Ушишир, ссылаясь на легенду: «В глубокой древности этих островов не было. Но их создал бог грома Каннан-камуй, заставивший их упасть с неба. Поэтому острова эти называют также Камуи кару мосири, т.е. «острова, созданные богом»[1].

Русские исследователи начала XVIII века засвидетельствовали постоянное проживание на архипелаге айнов, которые приняли православие и усвоили русский язык к 1734 году[2].

К 1736 году архипелаг, как и все острова до Итурупа, стал частью Российской империи, а населявшие их жители — её подданными, которые платили в российскую казну налог.

В 1760-х посланник камчатской администрации сотник Иван Чёрный заложил традицию порядкового исчисления островов и кучно расположенных субархипелагов Курильской гряды от Камчатки до Японии[3]. Поэтому во времена гидрографических описаний конца 18 — начала 19 века архипелаг (вкупе с группой островов Среднего) также имел номерное обозначение в составе Курильской гряды — Четырнадцатый[4]. Российский мореплаватель Василий Головнин считал такое объединение в восприятии географических объектов (Ушишира и Среднего), закреплённое впоследствии под одним «номерным» названием, урочищем местных «курильцев и русских»:

…остров Среднего, почти соединенный с Ушисиром грядою надводных и подводных каменьев, они не считают особым (то есть отдельным от Ушисира) островом[5].

Симодский трактат 1855 года признал права Российской империи на архипелаг, однако в 1875 году он, как и все находившиеся под российской властью Курилы, был передан Японии в обмен признание российских прав на Сахалин.

В 1875—1945 гг. субархипелаг принадлежал Японии.

Согласно административно-территориальному делению Японии Ушишир стал относиться к уезду (гуну) Симусиру (т.е. Симушир в японском произношении), который охватывал не только сам Симушир, но и все острова на север до Райкоке. Уезд в свою очередь входил с 1876 по 1882 год в состав провинции Тисима под управлением Комиссии по колонизации Хоккайдо; с 1882 до 1886 года — в состав префектуры Нэмуро, после — префектуры Хоккайдо[6][7].

В 1945 году по итогам Второй мировой войны архипелаг перешёл под юрисдикцию СССР и включён в состав Сахалинской области РСФСР. С 1991 года в составе России, как страны-правопреемницы СССР[8].

Используя в территориальном споре с Россией фактор Сан-Францисского мирного договора 1951 года, который не был подписан СССР, японское правительство, тем не менее, опирается на те варианты толкований договоренностей между союзниками — СССР, США, Великобританией и Китаем — которые подкрепляют японскую позицию. В частности, поскольку в Сан-Францисском договоре не оговаривается, в пользу какого государства Япония отказывается от своих прав на Курилы, принадлежность субархипелага, по мнению японского правительства, до сих пор не определена, а за Россией признаётся лишь «фактический контроль»[9][10].