Цумаго-дзюку была одной из шестидесяти девяти почтовых станций-городов, так называемых сюкуба, построенных в период правления сёгуната Токугава. В эту эпоху, период Эдо, была построена дорога Накасэндо, одна из пяти Гокайдо — сети из пяти торговых дорог. Накасэндо соединяла столицу Японии, город Эдо, и город Киото[1].

До появления Накасэндо, Цумаго-дзюку была десятой из одиннадцати станций на дороге Кисодзи[en], проходящей через долину Кисо[en]. После создания дороги Накасэндо, сюкуба вошла в состав станций этой дороги.

Город, образовавшийся из поселения возле станции, был довольно зажиточным и многонациональным. Однако после завершения строительства в 1889 году железной дороги Тюо, маршрут которой обходил Цумаго, город начал вымирать[2].

В 1968 году местные жители начали усилия по восстановлению исторических мест и сооружений в городе. К 1971 году было восстановлено около 20 домов, и была достигнута договорённость о том, что ни один объект в Цумаго не должен быть «продан, сдан в аренду или разрушен». В 1976 году правительство Японии присвоило станции статус «Национально назначенный архитектурный заповедник»[2].