Существует мнение, что Тиуанако был основан в 300 году до н. э., однако недавняя переоценка радиоуглеродных дат показала, что город был основан несколькими веками позже — скорее всего, примерно около 110 года н. э. (50—170 гг.)[1].

Считается, что в доколониальной Боливии уже во II—IX вв. Тиуанако был крупнейшим городом региона Центральных Анд и центром государства Пукина. В то время город занимал примерно 6 км² и имел 40 тыс. жителей. Приблизительно в 1180 году город был покинут обитателями после разгрома Пукина племенами колья (аймара).

После угасания государственности Пукина Тиуанако, её важный центр, продолжал играть важную роль в мифологии инков. Они считали Тиуанако местом, откуда были родом их первый легендарный правитель сапа инка Манко Капак и его сестра и супруга Мама Окльо. Это свидетельствует в пользу гипотезы о происхождении исторических инков (то есть связанной кровным родством знати государства Тауантинсуйу) из региона Тиуанако.

Тиуанако занимает большое место в легендах и верованиях современного народа аймара.