Собор Святого Патрика был построен около святого источника св. Патрика на острове между двумя рукавами реки Поддл. В 1192 году первый архиепископ Дублина Джон Комин присвоил церкви Святого Патрика, одной из четырёх церквей Дублина, статус соборной церкви. С течением времени около собора появился целый комплекс зданий, включая дворец архиепископа. Юридическое управление собором было разделено между деканом и архиепископом.

Доподлинно неизвестно, когда соборной церкви был предан статус собора. Вероятнее всего это произошло до 1212 года. По приказу английского короля Генриха III в 1225 году начата реконструкция собора, продолжавшаяся в течение четырёх лет. В результате собор приобрёл вид в стиле ранней английской готики. Примерно в 1270 году к собору была пристроена Часовня Леди. Башня Майнота и западный неф были восстановлены между 1362 и 1370, после большого пожара.

Со времени постройки и на протяжении всей истории собора наибольшей проблемой являлись подтапливания из-за близости реки Поддл. Происходили даже наводнения, особенно сильное — в конце XVIII века. По этой причине собор никогда не имел подвальных помещений.

В результате английской реформации в 1537 году собор стал принадлежать англиканской ирландской церкви, хотя большинство окружавших собор жителей оставались католиками. Во время конфискации имущества проводимой солдатами Томаса Кромвеля были уничтожены многие рисунки в росписи собора, позже, в 1544 году, из-за запустения разрушился неф собора.

При короле Эдуарде VI Собор Святого Патрика оказался в упадке, фактически был в статусе приходской церкви. Король определил часть зданий, разросшегося к тому времени комплекса собора, для использования в качестве здания суда. Средняя школа была устроена и зале священника и деканате, отданном архиепископу после передачи дворца архиепископа Лорду Ирландии. Серебро, драгоценности, украшения и части интерьера Собора Святого Патрика были переданы в Собор Христа. В 1549 году было приказано перекрасить стены собора и украсить цитатами из Священного Писания.

В 1555 году, во время правления Филиппа и Мэри собор был восстановлен в правах, началась реставрация, и по указу королевы возвращены многие ценности ранее изъятые из собора.

В 1560 году на башне Собора Святого Патрика были установлены одни из первых общественных часов в Дублине.