Город, основанный арабами в 852 году, играл замечательную роль в первые столетия реконкисты, неоднократно переходя от христиан к маврам и обратно. Фердинанд I Великий при разделе своих земель отдал Самору дочери Урраке. Её брат Санчо II при помощи Сида объединил почти все земли отца под своей властью, кроме Саморы. Когда он двинул свои войска на Самору, то пал от руки заговорщика. На следующий (1073) год Саморой завладел Альфонс VI.

Во время войны за кастильское наследство в Саморе до 1475 года хозяйничали португальцы-сторонники Хуаны Бельтранехи, которые не признавали Изабеллу законной королевой Кастилии. В испанском языке прижилась поговорка «Не за день была завоёвана Самора», намекающая на бурную историю этого города.