Появление людей в этой местности датируется VIII тысячелетием до н. э. Крепость была возведена и заселена примерно в XII веке. Местные жители были мастерами сельского хозяйства, ткацкого искусства и гончарства и, кроме того, смелыми воинами. В своё время Пукара служила значительным экономическим и военным центром.

В лучшие времена крепость вмещала около 2000 жителей, проживающих в небольших квадратных каменных зданиях с низкими дверями и без окон. Кроме жилых помещений, загонов для скота и других хозяйственных построек, здесь располагались места для проведения религиозных ритуалов и погребений.

В конце XV века племена Квебрада были окончательно завоёваны инками, которые использовали крепость как военный форпост для обеспечения поставок серебра, цинка и меди, добывавшихся поблизости.

Господство инков длилось всего около полувека и завершилось с приходом испанцев в 1536 году, которые основали современный город Тилкара в 1586 году.