Уже исследования начала XX века показали, что Беатовы пещеры, возможно, более чем за 2 тысяч лет до нашей эры были населены первобытными людьми[1]. В исторический период — по разным данным в I—VIII веках — в ней жил позднее причисленный к лику святых отшельник Беат[2]. В средневековье пещеры и выстроенная внутри них часовня святого Беата, впервые упомянутая в 1231 году, были местом посещения многочисленных паломников[3]. В 1530 году, после победы Реформации в Берне, чтобы прекратить почитание святого, часовня была снесена, а вход в пещеры замурован[3]. Всё это, однако, даже под угрозой высоких штрафов ничуть не мешало поклонению святыням, и паломники раз за разом разрушали вновь восстанавливаемые стены, толщина которых достигала 4 футов[3].

К середине XVIII века среди художников, естествоиспытателей и путешественников, к числу которых относились, например, Гёте и Вагнер, вновь просыпается интерес к почти позабытым пещерам[4]. В 1811 году исследователями была достигнута отметка в 200 метров, а в 1848 году капитан одного из курсировавших по Тунскому озеру пароходов Иоханнес Кнехтенхофер (нем. Johannes Knechtenhofer) вместе со своими матросами смог добраться до грота, названного в его честь Капитанским (нем. Kapitänsgrotte)[4].

Туристический бум начала XX века не обошёл стороной и Беатовы пещеры: был оборудован путь, ведущий к входу, проведено восстановление первых гротов[4], а 4 июля 1904 года они были открыты для посетителей, число которых уже в первый сезон превысило 10 тысяч[5]. Благодаря коммерческому успеху работы по продлению туристического маршрута были продолжены и постепенно его общая длина достигла 950 метров[4]. Исследования, проведённые во второй половине прошлого столетия, позволили составить подробную карту пещер и открыть в ней при этом новые, ранее неизвестные галереи[6]. По сегодняшним стандартам исследование Беатовых пещер практически завершено[7].