15 ноября 1933 года постановлением ВЦИК селение Муйнак было отнесено к категории рабочих посёлков. В то время Муйнак находился в составе Кара-Калпакской АССР, которая, в свою очередь, входила в состав РСФСР[1].

В 1950-е годы Муйнак получил статус посёлка городского типа. В 1963 году Муйнаку был присвоен статус города. Являлся одним из двух городов на берегу Аральского моря наряду с Аральском.

В 1960-х годах началось строительство мелиоративных каналов от Амударьи для орошения хлопчатника. В результате в Аральское море стало поступать меньше воды, и оно начало мелеть.

Вплоть до середины 1980-х годов Муйнак являлся развитым рыболовецким городом-портом на южном берегу Аральского моря. В городе работал Муйнакский рыбоконсервный комбинат, который был градообразующим предприятием и одним из крупнейших рыбоконсервных предприятий бывшего СССР.

В 1980-х, чтобы не закрывать рыбоконсервный завод в Муйнаке, сюда привозили замороженную рыбу из России. В начале 1990-х рыбоконсервный завод был закрыт, началась безработица, жители стали покидать свои дома и уезжать в Нукус, Кунград и другие города.

Участилась повторяемость пыльно-солевых бурь, заболевания населения (болезни желудочно-кишечного тракта, глазные и кожные). Уровень грунтовых вод упал, ускорился процесс опустынивания местности.

Оставшиеся родники стали не пригодны для питья из-за высокого содержания пестицидов, которые были смыты с хлопковых полей в Амударью. Порт превратился в «кладбище кораблей».

Из-за снижения уровня воды в Аральском море сегодня береговая линия находится в 100 км от Муйнака. Обнажившееся дно бывшего озера, которое за великолепные пляжи, обилие рыбы и большие размеры называли морем, теперь превратилось в пустыню.

Местные жители называют пустыню Аралкум (аналог пустыни Кызылкум). Раньше по морю плавали морские корабли. Сейчас они стоят заброшенными и ржавеют на «кладбище кораблей» в бывшем порту Муйнака[2].

По состоянию на 2011 год, от Муйнака около 100 км до западной (глубокой) части Южного Аральского моря и около 180 км до восточной (мелководной) части. Восточная часть моря (за счёт сравнительно небольших глубин) наиболее быстро отступала от Муйнака: ещё в середине 1990-х годов она находилась на расстоянии 45 км от города, а в начале 2000-х годов — на расстоянии 100 км.

В 2008 году компанией «Петро Альянс» были проведены разведочные работы по поиску нефти и газа на бывшем дне Аральского моря, результат оказался положительным. Газ здесь высокого качества, с минимальным содержанием сероводородов.

20-21 января 2017 года началась прокладка водопроводной сети Кунград — Муйнак. Строительство сооружения стоимостью 26,6 млрд сумов и протяженностью 101 км велось 5 месяцев. Чистой питьевой водой теперь обеспечены более 25 000 человек. Водопровод Муйнак — Учсай будет продлён на 1,51 км.

Начиная с середины 2000-х годов город стал привлекать туристов со всего мира. Поток туристов в Муйнак резко увеличился после 2016 года.

В настоящее время Муйнак является важным перевалочным пунктом для туристов и учёных, которые собираются посетить и изучать отдалённые районы высохших частей Аральского моря.

Также именно через Муйнак на внедорожниках туристы попадают на берега Аральского моря, отошедшего от Муйнака на несколько десятков километров на север и северо-запад.