После обретения Индонезией независимости от Нидерландов в 1949 году возникла мысль построить национальную мечеть для этой новой республики, приличествующую для страны с наибольшим мусульманским населением в мире. Эту мысль о строительстве великой индонезийской мечети впервые высказали Вахид Хасим, первый министр Индонезии по делам религии, и Анвар Чокроаминото, позже назначенный председателем фонда мечети. В 1953 году был основан комитет по строительству мечети Истикляль во главе с Чокроаминото, который представил проект индонезийскому президенту Сукарно, который приветствовал его и впоследствии взял строительство мечети под свой контроль.

Сукарно активно следил за планированием и строительством мечети, в том числе председательствовал в жюри конкурса по отбору проектов мечети, проведённого в 1955 году. Победил проект, представленный Фредериком Силабаном, архитектором христианского вероисповедания, на тему Ketuhanan (с индон. — «богословие»). 24 августа 1961 года Сукарно заложил первый камень в основание мечети, строительство заняло семнадцать лет. Индонезийский президент Сухарто открыл национальную мечеть 22 февраля 1978 года. Она по-прежнему является самой крупной мечетью в регионе и вмещает более 120 000 человек одновременно.